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조세특례제한법 시행령

대통령령 제24638호 · 2013.07.01 시행 · 지난 판 · 재정경제부,행정안전부

연혁 — 판 293개

제정·개정 이유

[전부개정]

◇ 개정이유

납세자의 입장에서 법령을 쉽게 이해할 수 있도록 법령 체계를 개편하고 하위법령에 규정된 주요 사항을 법률에서 규정함으로써 납세자의 이해 편의를 도모하는 동시에 조세법률주의의 취지에 보다 맞도록 하는 등의 내용으로 「부가가치세법」이 전부개정(법률 제11873호, 2013. 6. 7. 공포, 7. 1. 시행)됨에 따라, 「부가가치세법」의 체계와 내용에 맞추어 이 영의 체계와 규정을 정비하고, 어려운 문장과 용어를 쉬운 문장과 용어로 바꾸며, 복잡한 조문을 표와 계산식 등을 이용하여 간결하게 하는 등 납세자가 법령을 이해하기 쉽고 알기 쉽게 정비하는 한편,

전자세금계산서를 발급하여야 하는 개인사업자의 기준을 강화하여 탈세행위를 조기에 차단하고, 세관장이 수입되는 재화에 대하여 수입자에게 발급하는 수입세금계산서의 수정 발급 사유를 조정하여 성실신고자와의 과세 형평을 높이는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

◇ 주요내용

가. 알기 쉬운 법령을 위한 새로 쓰기

1) 현재에는 법령 체계가 장(章)과 조(條)의 2단계로 구성되어 있어 이해하기가 어려움에 따라, 전부개정된 「부가가치세법」에 맞추어 장(章), 절(節), 조(條)의 3단계로 법령 체계를 정비함으로써, 납세자가 「부가가치세법」과 그 하위법령을 보다 체계적으로 이해할 수 있도록 함.

2) 현재 「부가가치세법 시행규칙」에 상위법령과 조화가 되지 아니하거나 과도하게 위임되어 있는 일부 규정을 상위법령으로 조정하는 것이 필요함에 따라, 과세기간 결정의 기준이 되는 사업개시일과 폐업일 관련 규정, 사업장으로 보지 아니하는 하치장의 설치신고 관련 규정, 민속문화자원의 소개 장소 등 면세 대상이 되는 입장 장소 관련 규정 등 「부가가치세법 시행규칙」에 규정된 사항을 이 영으로 상향 조정함으로써, 납세자의 이해 편의를 도모하고 조세법률주의의 취지에 보다 맞도록 함(안 제6조, 제7조, 제9조 및 제44조 등).

3) 현재 법령에 지나치게 긴 내용이 열거되어 납세자가 필요한 내용을 쉽게 찾기 어려운 문제가 있음에 따라, 길게 열거된 각 호 중 표를 이용하여 정리할 수 있는 규정은 표를 이용하여 규정함으로써, 납세자의 이해 편의를 도모함(안 제8조, 제11조, 제84조, 제90조, 제91조, 제101조 및 제111조).

4) 종전에 매입세액의 계산 기준 대부분을 하위법령에 위임한 것과 달리 전부개정된 「부가가치세법」에서는 공통매입세액의 안분 계산, 공통매입세액의 재계산, 의제매입세액 등을 구분하여 명시적으로 규정함에 따라, 그 구분에 맞추어 해당 내용을 규정하고, 종전에는 제1장(총칙)에서 정하던 주사업장 총괄 납부 관련 규정이 납부 관련 규정의 통일적인 이해를 위하여 전부개정된 「부가가치세법」에서 제5장(신고와 납부 등)으로 이동함에 따라, 그 체계에 맞추어 조정하는 등 「부가가치세법」의 법령 체계와 내용에 따라 정비함(안 제81조부터 제84조까지 및 제92조부터 제94조까지 등).

나. 전자세금계산서 의무발급 기준의 강화(안 제68조제1항 및 제2항)

1) 전자세금계산서는 발급한 다음 날 국세청에 전송되고 있는 등 거짓으로 작성된 세금계산서의 발급에 따른 탈세행위를 조기에 차단할 수 있음을 고려할 때, 전자세금계산서의 발급 대상을 확대할 필요가 있음.

2) 전자세금계산서를 발급하여야 하는 개인사업자의 기준을 종전 직전 연도 사업장별 재화 및 용역의 공급가액 합계액이 10억원 이상인 개인사업자에서 3억원 이상인 개인사업자로 확대하는 한편, 그 적용은 이 영 시행일이 속하는 연도에 공급된 사업장별 재화 및 용역의 공급가액의 합계액을 기준으로 판단하여 2014년 7월 1일 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 하도록 함.

3) 전자세금계산서의 발급 대상을 확대함으로써, 부가가치세 과세거래의 양성화를 위한 제도적 기반을 강화할 수 있을 것으로 기대됨.

다. 수입세금계산서를 수정 발급하는 사유의 조정(안 제72조제2항부터 제4항까지)

1) 종전에는 수입자가 스스로 수정신고를 하거나 경정청구를 하였는지와 관계없이 관할 세관장이 부가가치세를 징수하거나 환급하는 경우에는 모두 수정한 수입세급계산서를 발급함으로써, 스스로 수정신고를 하거나 경정청구를 한 성실신고자와 과세 형평에 문제가 있었음.

2) 앞으로는 수입자가 보정신청, 수정신고 또는 경정청구를 하여 세관장이 세액을 납부받거나 징수 또는 환급한 경우 등에만 수정한 수입세급계산서를 발급하는 것을 원칙으로 하되, 수입자가 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 「관세법」에 따라 수정신고 또는 경정청구를 하거나 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우 등에 한정하여 수정한 수입세급계산서를 발급하도록 함.

3) 수입세급계산서의 수정 발급 대상을 조정함으로써, 수입자의 성실 신고ㆍ납부를 유도할 것으로 기대됨.

<법제처 제공>

11/11 · 부칙

부칙(행정권한의위임및위탁에관한규정) <제16669호,1999.12.31>

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조 생략

제3조 (다른 법령의 개정) ①및 ②생략

③조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제116조의13제2항 및 제3항을 각각 제3항 및 제4항으로 하고, 동조에 제2항을 다음과 같이 신설하며, 동조제3항(종전의 제2항) 및 제4항(종전의 제3항)중 "제1항"을 각각 "제1항 및 제2항"으로 한다.

②재정경제부장관은 수출자유지역에서의 외국인투자에 대하여는 법 제121조의2 및 법 제121조의4의 규정에 의한 조세감면신청ㆍ감면내용변경신청 또는 사전확인신청의 접수, 조세감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부의 결정 및 통지에 관한 권한을 산업자원부장관에게 위탁한다.

부칙 <제16584호,1999.10.30>

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조 (양도소득세등에 관한 적용례) 제32조 및 제39조제2항제2호 나목의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제3조 (복권당첨소득의 범위에 관한 적용례) 제93조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 당첨되는 복권당첨소득분부터 적용한다.

제4조 (세액공제액의 추징에 관한 적용례) 제137조제7항제4호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 과잉생산설비의 폐기에 대한 세액공제를 받는 분부터 적용한다.

제5조 (대도시권의 범위에 관한 적용례) 별표 7의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 공장을 지방이전하는 분부터 적용한다.

제6조 (과잉생산설비의 폐기에 대한 세무서장의 확인절차에 관한 경과조치) 산업자원부장관이 제24조의2제1항의 규정에 의한 업종을 정하기 전에 과잉생산설비를 이미 폐기한 내국인에 대하여는 산업자원부장관이 당해업종을 정한 날부터 30일 이내에 관할세무서장에게 제24조의3제1항의 규정에 의한 세액감면신청서를 제출하여 확인을 받은 후 당해과세연도의 과세표준신고와 함께 폐기세액공제신청서를 관할세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 법 제27조의2의 규정을 적용한다.<개정 2000.1.10>

제7조 (가계장기저축 및 근로자주식저축에 관한 경과조치) 제81조제5항 내지 제7항의 개정규정은 구 조세감면규제법시행령(대통령령 제15976호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제75조의3 및 동시행령 제75조의4의 규정에 의한 가계장기저축 및 근로자주식저축에 관하여 이를 준용한다.

부칙(선박안전법시행령) <제16574호,1999.10.11>

제1조 (시행일) 이 영은 1999년 10월 16일부터 시행한다.

제2조 생략

제3조 (다른 법령의 개정) ①생략

②조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제106조제6항제26호중 "한국선박안전기술원"을 "선박검사기술협회"로 한다.

부칙(오수ㆍ분뇨및축산폐수의처리에관한법률시행령) <제16508호,1999.8.6>

제1조 (시행일) 이 영은 1999년 8월 9일부터 시행한다.

제2조 내지 제5조 생략

제6조 (다른 법령의 개정) ①내지 ③생략

④조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제22조제1항제2호중 "축산폐수정화시설과 오수정화시설"을 "축산폐수처리시설과 오수처리시설"로 한다.

⑤내지 ⑧생략

부칙(전기공사업법시행령) <제16448호,1999.6.30>

제1조 (시행일) 이 영은 1999년 7월 1일부터 시행한다.

제2조 및 제3조 생략

제4조 (다른 법령의 개정) ① 및 ②생략

③조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제106조제4항중 "건설산업기본법ㆍ전기공사업법 또는 소방법에 의하여 면허를 받은 자와 정보통신공사업법에 의하여 허가를 받은 자 및 주택건설촉진법에 의하여 등록을 한 자"를 "건설산업기본법ㆍ전기공사업법ㆍ소방법ㆍ정보통신공사업법 및 주택건설촉진법에 의하여 등록을 한 자"로 한다.

④생략

제5조 생략

부칙 <제16431호,1999.6.30>

①(시행일) 이 영은 1999년 7월 1일부터 시행한다.

②(투자가 완료되지 아니하는 경우의 투자세액공제에 대한 특례) 제23조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999년 12월 31일 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999년 12월 31일까지 투자한 분에 대하여는 1999년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조제3항의 규정을 적용한다. 이 경우 투자금액의 계산에 관하여는 제4조제3항의 규정을 준용한다.

부칙 <제16366호,1999.5.24>

①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

②(외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업의 사업에 대한 조세감면의 적용례) 제116조의2제3항제2호의 규정은 2001년 12월 31일까지 외국인투자촉진법에 의하여 신고하는 외국인투자로서 2005년 12월 31일까지 출자의 목적물을 납입완료하는 분에 한하여 적용한다.<개정 2000.1.10>

③(다른 법령과의 관계) 이 영 시행당시 법령에서 종전의 외국인투자촉진법시행령 제9조 내지 제18조 및 제33조를 인용하고 있는 경우에는 이 영 제116조의2 내지 제116조의12를 인용한 것으로 본다.

부칙(과학기술혁신을위한특별법시행령) <제16184호,1999.3.12>

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조 내지 제4조 생략

제5조 (다음 법령의 개정) ①생략

②조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제93조제3호중 "한국종합기술금융주식회사법에 의하여 설립된 한국종합기술금융주식회사가 동법에 의하여 발행하는"을 "과학기술혁신을위한특별법 제7조의2의 규정에 의한"으로 한다.

부칙 <제15976호,1998.12.31>

제1조 (시행일) 이 영은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제25조제1항제8호ㆍ제2항제11호, 제35조, 제36조, 제42조 내지 제44조와 제46조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.

제2조 (일반적 적용례) ①이 영중 소득세ㆍ법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

②이 영중 양도소득세ㆍ특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제3조 (사회간접자본투자준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제25조제1항제8호ㆍ제2항제11호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 종료하는 사업연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.

제4조 (외국사업자에 대한 환급최저금액에 관한 적용례) 제107조제4항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 공급받는 분부터 적용한다.

제5조 (지방세에 관한 적용례) 제116조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 합병하는 분부터 적용한다.

제6조 (재평가특례에 관한 적용례) 제138조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 기업공개시한이 도래하는 분부터 적용한다.

제7조 (기술인력개발비 세액공제에 관한 적용례) 별표 6 기술개발란의 파목의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.

제8조 (정부업무대행단체의 업무에 대한 부가가치세 면제에 관한 경과조치) 제106조제6항의 개정규정을 적용함에 있어서 대통령령 제15563호 부가가치세법시행령중개정령 부칙 제6조 및 제7조제2항중 지방공단에 관한 규정은 이를 계속 적용한다.

제9조 (다른 법령의 개정) ①농어촌특별세법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제4조제1항제1호를 다음과 같이 한다.

1. 조세특례제한법 제66조ㆍ제67조ㆍ제68조ㆍ제69조ㆍ제72조제1항(제1호 및 제5호의 법인을 제외한다)ㆍ제77조 [조세특례제한법 제69조제1항제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 한한다]ㆍ제70조ㆍ제84조ㆍ제101조ㆍ제102조 및 제118조제1항제2호의 규정에 의한 감면

제4조제4항중 "조세감면규제법시행령 제63조제2항"을 "조세특례제한법시행령 제75조제2항"으로 하고, 동조제6항제1호 및 제2호를 각각 다음과 같이 하며, 동조동항제3호중 "조세감면규제법 제81조제1항제2호"를 "조세특례제한법 제89조제1항제2호"로 하고, 동조제7항중 "조세감면규제법의"를 "조세특례제한법의"로 한다.

1. 조세특례제한법 제10조 내지 제14조, 제18조, 제19조, 제60조 내지 제63조, 제64조, 제65조, 제78조제1항제9호, 제81조, 제82조, 제118조제1항제1호 및 제4호의 규정에 의한 감면

2. 조세특례제한법 제89조제1항제2호의 규정에 의한 출자금의 배당금에 대한 감면 및 동법시행령 제83조제1항제1호의 규정에 의한 장학적금의 이자에 대한 감면

제4조제1항제4호, 동조제6항제6호 및 제10조중 "내무부장관이 재정경제원장관과"를 "행정자치부장관이 재정경제부장관과"로 하고, 제12조중 "재정경제원장관에게"를 "재정경제부장관에게"로 한다.

②농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재에대한부가가치세영세율적용에관한특례규정중 다음과 같이 개정한다.

제1조중 "조세감면규제법(이하 "법"이라 한다) 제99조제4호 및 제5호"를 "조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제105조제5호 및 제6호"로 하고, 제2조제1항ㆍ제2항 및 제3조제1항 내지 제6항중 "법 제99조제4호"를 각각 "법 제105조제5호"로 하며, 제2조제3항 및 제3조제7항중 "법 제99조제5호"를 각각 "법 제105조제6호"로 하고, 제4조 본문 및 제5조중 "법 제99조제4호 및 제5호"를 각각 "법 제105조제5호 및 제6호"로 하며, 제3조제3항 내지 제7항 및 제4조제1호ㆍ제2호, 제5조 및 제7조중 "총리령"을 각각 "재정경제부령"으로 한다.

③증권거래세법시행령중 다음과 같이 개정한다.

증권거래세법시행령 제3조제1항제2호 내지 제4호 및 제8호를 삭제한다.

제10조 (다른 법령과의 관계) 이 영 시행당시 다른 법령에서 종전의 조세감면규제법시행령 및 그 규정을 인용한 경우에는 이 영 및 이 영의 해당 각 조항을 인용한 것으로 본다.