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조세특례제한법 시행령

대통령령 제25211호 · 2014.02.21 시행 · 지난 판 · 재정경제부,행정안전부

연혁 — 판 293개

제정·개정 이유

[일부개정]

◇ 개정이유

고용확대와 일자리 창출을 위하여 중소기업과 취약계층의 고용에 대한 세제지원을 강화하는 한편, 근로장려세제를 개편하여 서민ㆍ중산층에 대한 지원을 강화하고, 출산장려를 위하여 자녀장려세제를 도입하며, 경영회생 지원을 위한 농지매매 양도소득세 과세특례제도를 도입하고, 중소기업창업투자회사 등의 코넥스 상장기업 출자 시 주식양도차익 및 배당소득세를 비과세하는 등의 내용으로 「조세특례제한법」이 개정됨에 따라,

서비스산업과 물류산업에 대한 세제지원을 확대하고, 성장동력 확충을 위하여 연구개발업에 대한 세제지원을 강화하며, 문화산업에 대하여 중소기업 세제지원을 적용하고, 소규모 농어업 기업에 대한 감면을 확대하며, 소기업ㆍ소상공인에 대한 소득공제를 확대하고, 시간선택제 근로자의 취업 기회를 확대하며, 근로장려세제와 자녀장려세제의 구체적인 기준을 정하는 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 규정하는 한편, 기업구조조정에 대한 지원을 확대하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

◇ 주요내용

가. 조세지원 대상 중소기업 업종의 확대(제2조제1항)

중소기업이 기계장치와 설비 등에 투자하는 경우에 받는 중소기업 투자 세액공제의 대상 업종에 무형재산권 임대업, 연구개발지원업과 사회서비스업 중 일부 업종을 추가함.

나. 세액감면 대상 물류산업 범위의 확대(제5조)

다른 물류산업을 영위하는 기업과의 형평성을 높이기 위하여 세액감면 지원 대상 물류산업의 범위에 「도선법」에 따른 도선업을 추가함.

다. 중소기업 특별세액감면 적용 범위 확대(제6조제5항제2호, 제6조제6항제12호ㆍ제13호 신설)

1) 농업과 어업을 지원하기 위한 중소기업 특별세액감면을 적용할 때 작물재배업과 어업의 소기업 해당 여부 판단기준인 종업원 수를 현행 10명 미만에서 50명 미만으로 완화함.

2) 문화산업 지원을 위하여 중소기업 특별세액감면을 적용할 때 지식기반산업의 범위에 서적ㆍ잡지 및 그 밖에 인쇄물출판업과 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외)을 추가함.

라. 대ㆍ중소기업 상생협력 출연금 세액공제의 합리화와 활용도 제고(제7조의2 및 별표 1)

대ㆍ중소기업 상생협력 기금의 출연금 지원대상에서 특수관계인에 대한 지원은 제외하고, 기금의 사용목적에 기존 생산성향상시설장비의 개수ㆍ보수 비용을 포함함.

마. 중견기업의 요건의 신설(제10조제1항, 제22조의2제2항, 제22조의3제2항 및 제22조의4제2항 신설, 제23조제3항)

연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 등 일부 투자세액공제에 중견기업 공제율 구간이 신설됨에 따라 3년 평균 매출액 3천억원 미만 등 중견기업의 구체적인 요건을 정함.

바. 기술혁신형 합병ㆍ주식취득에 대한 세액공제 신설에 따른 세부적인 사항 규정(제11조의3 및 제11조의4 신설)

기술혁신형 중소기업의 범위를 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 벤처기업으로 확인받은 기업 등으로 정하고, 기술신용보증기금 등에서 평가한 금액 등을 기술가치금액으로 하는 등 관련 사항을 정하고 세부 절차 등을 마련함.

사. 엔젤투자에 대한 세제지원의 확대(제14조제2항)

개인의 벤처기업투자에 대한 소득공제 대상에 벤처기업과 동일한 수준의 기술성평가 요건을 충족하는 창업 후 3년 이내 중소기업에 대한 투자를 포함함.

아. 고용창출투자세액공제 적용대상 업종의 확대(제23조제1항)

고용창출투자세액공제 적용대상 업종에 무형재산권 임대업, 연구개발지원업, 항공운송업과 전시산업 등을 추가함.

자. 양질의 시간선택제 근로자 고용 시의 세액공제 확대(제23조제8항 및 제27조의4제5항)

고용창출투자와 사회보험료 세액공제 제도의 고용증가 인원 계산과 관련하여 상시근로자 수를 계산할 때 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자로서 상시근로자와 시간당 임금 등에서 차별이 없는 근로계약을 체결하는 등의 요건을 모두 충족하는 시간선택제 근로자 1명의 경우에는 현행 0.5명에서 0.75명으로 그 기준을 높여 계산함.

차. 근로시간 단축으로 일자리를 나누는 기업과 근로자에 대한 지원 요건의 구체화(제27조의3제1항, 제27조의3제4항제6호 신설)

근로시간 단축으로 일자리를 나누는 기업과 근로자에 대한 시간당 임금계산 방법을 구체화하고, 고용의 질이 하락하는 것을 방지하기 위하여 상시근로자 수를 계산할 때 1개월간 근로시간이 60시간 미만인 근로자는 상시근로자 수에서 제외하도록 함.

카. 비상장 주식교환 과세특례 대상 전략적 제휴 요건 등의 신설(제43조의7 신설)

전략적 제휴를 위한 주식교환에 대한 과세특례가 신설됨에 따라, 기술ㆍ정보ㆍ시설ㆍ인력 및 자본 등의 협력에 관한 사항을 포함하고 제휴 사업에서 발생하는 손익의 분배방법을 정할 것 등의 전략적 제휴를 위한 계약의 요건 등을 정하고, 과세특례의 절차 등을 마련함.

타. 기업매각 후 벤처기업 등 재투자 시의 과세특례 관련 규정의 신설(제43조의8 신설)

기업매각 후 재투자에 대한 과세특례 신설에 따라 매각대상기업의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 50 또는 매각대상기업의 주주 본인이 보유한 주식의 100분의 80 이상을 양도할 것 등의 경영권 이전의 요건과 재투자를 통한 과세이연을 받기 위한 절차 등을 마련함.

파. 합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례 대상 업종의 확대(제44조의4제1항)

합병에 따른 중복자산 양도차익 과세이연 대상 업종에 제약업 외에 의료용 기기 제조업, 선박 건조업, 해상 운송업, 건설업 등을 추가함.

하. 고소득 작물재배업 농업법인 과세 전환(제63조제1항 및 제65조제1항)

과세로 전환하는 고소득 작물재배업의 기준을 조합원당 연간 수입금액 6억원을 초과하는 영농조합법인의 식량작물재배업소득을 제외한 작물재배업소득과 연간 수입금액 50억원을 초과하는 농업회사법인의 식량작물재배업소득을 제외한 작물재배업소득으로 정함.

거. 농지ㆍ초지 현물출자 시 자경요건의 합리화(제63조제4항)

농업인이 영농조합법인ㆍ농업회사법인에 농지ㆍ초지를 현물출자하는 경우 양도소득세 면제 적용 대상을 해당 농지ㆍ초지 소재지 등에서 4년 이상 거주하면서 직접 경작한 농업인으로 한정함.

너. 8년 자경농지 양도세 감면 시 자경기간 계산방법의 보완(제66조제14항 및 제66조의2제13항 신설)

자경농지 및 축사와 이에 딸린 토지에 대한 양도소득세 감면 적용 시 총급여액과 농업ㆍ축산업ㆍ임업ㆍ부동산임대 소득을 제외한 사업소득금액의 합계가 3천 700만원 이상인 과세기간은 농지를 경작한 기간과 직접 축산에 사용한 기간에서 제외함.

더. 농지대토에 대한 양도세 감면제도의 합리화(제67조)

농지대토에 대한 양도소득세 감면 요건 중에서 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작하여야 하는 기간을 3년에서 4년으로 연장하고, 총급여액과 농업ㆍ축산업ㆍ임업ㆍ부동산임대 소득 등을 제외한 사업소득금액의 합계가 3천 700만원 이상인 과세기간은 농지를 경작한 기간에서 제외하는 등 세부적인 감면요건을 합리적으로 조정함.

러. 소기업ㆍ소상공인 공제부금에 대한 소득공제 불입금액 한도의 인상(제80조의3제1항)

소기업ㆍ소상공인에 대한 지원을 위하여 소기업ㆍ소상공인 공제부금에 대한 소득공제의 분기별 불입금액 한도를 210만원에서 300만원으로 인상함.

머. 소형주택 임대사업자에 대한 세액감면 기준의 구체화(제96조 신설)

소형주택 임대사업자에 대한 세액감면 요건으로 세법상 사업자등록과 「임대주택법」상 임대사업자등록을 할 것을 규정하고, 주택요건으로 국민주택규모의 주택으로서 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것을 규정하는 등 세액감면 기준을 정함.

버. 근로장려금 지원제도의 합리화(제100조의2부터 제100조의4까지 및 제100조의14)

1) 근로장려금은 가구별로 신청하는 점을 고려하여 근로장려금의 신청대상에서 제외되는 사업자의 범위에 그 배우자를 포함함.

2) 인적 용역을 제공하는 사업자는 현재 적용대상에서 제외되는 단기간 근로자와 유사하게 연중 부정기적으로 용역을 제공하는 점을 고려하여 연간 총소득을 환산하여 총소득기준금액에 적용하는 대상에서 제외함.

3) 재산의 종류별 형평성을 높이기 위하여 재산 가액의 합계에 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄회원권 등을 포함함.

4) 근로장려금 신청자의 신청자격 확인 등을 위하여 국세청장이 자료를 요청할 수 있는 기관과 자료의 범위를 추가함.

서. 자녀 장려를 위한 조세특례 제도의 시행을 위한 세부적인 규정 신설(제100조의28부터 제100조의31까지 신설)

자녀장려금의 신청 대상과 서류 등을 정하고, 자녀장려금산정표를 신설하며, 자녀장려금 결정ㆍ환급 등에 관하여 근로장려금의 해당 규정을 준용하도록 하는 등 자녀장려세제의 시행을 위하여 필요한 사항을 정함.

어. 정비사업조합 설립인가 등의 취소에 따른 채권의 손금산입(제104조의23 신설)

시공자 등이 조합 등과 합의 없이 채권금액ㆍ증명자료 등을 내용으로 하는 채권의 포기에 관한 확인서를 세무서장에게 제출하는 경우에도 채권의 손금산입 특례를 적용함.

저. 부가가치세 면제대상 정부업무의 대행 단체의 추가(제106조제7항)

부가가치세가 면제되는 정부업무 대행 단체의 범위에 2014인천장애인아시아경기대회조직위원회, 2015세계물포럼조직위원회 및 2015경북문경세계군인체육대회조직위원회와 전자수입인지의 판매ㆍ관리를 정부로부터 위탁받은 기관 등을 추가함.

처. 부가가치세 면제대상 희귀병치료제의 범위 조정(제106조제14항)

부가가치세가 면제되는 희귀병치료제의 범위에서 뮤코다당증 Ⅱ형 치료제를 제외하고, 발작성 야간 헤모글로빈뇨증 치료제를 추가함.

커. 외국인관광객 숙박용역 부가가치세 환급(제109조의2 신설)

외국인관광객 등에 대한 숙박용역의 객실 종류별 공급가액을 전년 같은 기간보다 높게 공급하지 아니하는 등의 요건을 갖춘 관광호텔로서 문화체육관광부장관이 정하여 고시한 호텔에서 외국인관광객 등이 숙박용역을 공급받은 경우 부가가치세를 환급받을 수 있는 절차 등을 정함.

터. 재활용폐자원 등 매입세액공제 특례의 세부 범위 조정(제110조제4항)

직전 거래 단계에서 매입세액을 공제받은 중고자동차를 중고자동차 수집사업자가 매입하는 경우에 대해서는 재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제특례를 적용하지 아니하도록 하여 이중공제를 방지함.

퍼. 조세조약 등을 체결하지 아니하여 조세감면대상에서 제외되는 국가 또는 지역 규정(제116조의2제13항)

내국인의 우회투자를 통한 조세감면 방지를 위하여 조세조약 또는 투자보장협정을 체결하지 아니한 레바논과 키프로스 등 9개 국가는 조세감면대상에서 제외함.

허. 증자의 조세감면 관련 감면제한 요건 강화(제116조의6)

신규 설비 투자유도를 위하여 현행 감면종료사업 자산의 고도기술수반사업 등 증자분 사업에 대한 재사용 요건을 50 퍼센트 이상에서 30 퍼센트 이상으로 조정함.

고. 금 현물시장에서 거래되는 금지금(金地金)에 대한 과세특례와 관련한 절차 등 세부적인 사항에 관한 규정의 신설(안 제121조의7 신설)

금 현물시장에서 거래되는 금지금에 대한 과세특례가 신설됨에 따라 대상이 되는 금지금을 원재료 상태로서 순도가 1만분의 9999 이상인 금으로 정하고, 금지금을 매매거래하기 위하여 한국거래소가 개설하는 시장을 금 현물시장으로 하며, 금 현물시장에 최초 공급하는 금지금에 대하여 세금계산서를 발급하도록 하고, 금지금을 인출할 경우의 공급가액을 이동평균법을 통하여 산출하도록 하는 등 금 현물시장에서의 금지금 거래와 관련된 절차와 관세면제의 요건 등을 마련함.

<법제처 제공>

12/12 · 부칙

부칙(도시계획법시행령) <제16891호,2000.7.1>

제1조 (시행일) 이 영은 2000년 7월 1일부터 시행한다. <단서 생략>

제2조 내지 제11조 생략

제12조 (다른 법령의 개정) ①조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제124조제3항제2호중 "도시계획법 제17조"를 "도시계획법 제32조제1항"으로 한다.

②내지 <37>생략

제13조 생략

부칙(우체국보험특별회계법시행령) <제16762호,2000.3.28>

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑫생략

⑬조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제80조제1항제1호 라목중 "체신예금ㆍ보험에관한법률"을 "우체국예금ㆍ보험에관한법률"로, "체신보험"을 "우체국보험"으로 하고, 동항제4호중 "체신보험"을 "우체국보험"으로, "체신예금ㆍ보험에관한법률"을 "우체국예금ㆍ보험에관한법률"로 한다.

⑭내지 <16>생략

부칙 <제16693호,2000.1.10>

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제18조제2항제8호, 제45조제1항, 제46조제2항제8호, 제71조제1항, 제79조제4항, 제80조제1항제1호마목, 제106조제6항제8호ㆍ동항제16호ㆍ제8항제2호ㆍ제12항제4호(내수면어업용 선박에 관한 것을 제외한다)ㆍ제15항, 제110조제1항 및 제120조제2항의 개정규정은 2000년 7월 1일부터 시행하고, 제83조 내지 제91조의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행하며, 제116조의2제4항 및 동조제5항의 개정규정중 자유무역지역에 관한 부분은 자유무역지역의지정등에관한법률의 시행일부터, 관세자유지역에 관한 부분은 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률의 시행일부터 각각 적용한다.

제2조 (일반적 적용례) ①이 영중 소득세ㆍ법인세에 관한 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 개시되는 과세연도부터 적용한다. 다만, 제84조 내지 제91조의 개정규정은 2001년 1월 1일이후 최초로 개시되는 과세연도부터 적용한다.

②이 영중 양도소득세ㆍ특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 제43조의2, 제45조제2항, 제54조, 제60조의2 및 제97조의2의 개정규정은 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률의 시행후 최초로 양도하는 분부터 하고, 제39조의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 양도분부터 적용한다.

③이 영중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다. 다만, 제106조제5항 및 제108조의 개정규정은 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률의 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.

④이 영중 특별소비세 및 주세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 과세시기가 도래하는 분부터 적용한다.

제3조 (중소기업의 범위에 관한 적용례) 제2조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 날이 속하는 과세연도의 다음 2과세연도가 경과되는 기업부터 적용한다.

제4조 (기술 및 인력개발비의 세액공제에 관한 적용례) 제9조제4항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 세액공제를 신청하는 분부터 적용한다.

제5조 (주식매입선택권에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제13조제7항의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 주식매입선택권을 부여받는 분부터 적용한다.

제6조 (외국유가증권시장에서 거래되는 유가증권의 양도소득에 관한 적용례) 제18조제4항의 개정규정은 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률의 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제7조 (임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조제1항 및 제2항의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2000년 1월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 1977년 1월 1일이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2000년 1월 1일이후의 투자분에 대하여도 적용하되, 이 경우의 투자금액은 제4조제3항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제8조 (대손충당금적립에 관한 적용례) 제46조제3항의 개정규정은 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률의 공포일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.

제9조 (법인본사의 수도권외의 지역이전에 관한 적용례) 제57조제7항의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 법인의 본점의 본점 또는 주사무소를 이전하는 분부터 적용한다.

제10조 (개인연금저축 등에 관한 적용례) ①제80조제5항의 개정규정은 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률의 공포일이 속하는 과세기간에 해지하거나 연금외의 형태로 지급받는 분부터 적용한다.

②제83조의 개정규정은 2001년 1월 1일이후 최초로 가입하는 분부터 적용한다.

제11조 (세금계산서 원본의 반환에 관한 적용례) 제107조제4항의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 세금계산서 원본의 반환을 신청하는 분부터 적용한다.

제12조 (등록세 면제에 관한 적용례) 제116조제4항의 개정규정은 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률의 시행후 최초로 등기하는 분부터 적용한다.

제13조 (외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) ①제116조의2제3항제2호 및 동조제6항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 조세감면신청 또는 조세면제신청을 하는 것부터 적용한다.

②제116조의2제4항제1호 및 동조제5항의 개정규정중 자유무역지역에 관한 부분은 자유무역지역의지정등에관한법률의 시행일이후 동법 제4조의 규정에 의하여 최초로 지정되는 자유무역지역부터 적용한다.

③대통령령 제16366호 조세특례제한법시행령중개정령 부칙 제2항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 조세감면신청 또는 조세면제신청을 하는 것부터 적용한다. 다만, 이 영 시행전에 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것으로서 이 영 시행일까지 조세감면결정 또는 조세면제결정을 받지 못한 것에 대하여는 이 영 시행일에 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것으로 본다.

제14조 (차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입에 관한 적용례) ①제129조제1항 및 제5항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.

②제129조제6항제12호 내지 제15호ㆍ제17호 및 제18호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 주식을 취득하는 분부터 적용한다.

제15조 (기술개발준비금의 손금산입에 관한 적용례) 별표 5의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 신고하는 과세연도에 적립하는 분부터 적용한다.

제16조 (투자가 완료되지 아니하는 경우의 특례) 제23조제1항 및 제2항의 개정규정을 적용함에 있어서 2000년 6월 30일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2000년 6월 30일까지 투자한 분에 대한 투자금액은 제4조제3항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제17조 (세금우대저축에 관한 특례) ①증권투자신탁업법에 의한 위탁회사 또는 신탁업법에 의한 신탁회사가 취급하는 재정경제부령이 정하는 저축으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 가계저축은 법 제89조제1항제5호의 규정에 의한 소액가계저축으로 본다.

1. 저축계약기간이 6월 이상 3년이하일 것

2. 저축원금의 합계액(수익자를 기준으로 계산한다)이 2천만원이하일 것

3. 1인 1통장일 것

4. 2000년 12월 31일까지 저축계약이 체결될 것

②제1항의 규정에 의하여 소액가계저축으로 보는 저축중 증권투자신탁업법에 의한 위탁회사가 취급하는 저축에 대하여 신탁의 이익을 계산함에 있어서는 소득세법 제46조제1항의 규정에 의한 채권등의 매매ㆍ평가로 발생한 이익을 소득세법시행령 제23조제3항의 규정에 불구하고 신탁의 이익에서 차감할 수 있다.<개정 2000.10.21>

③제1항의 규정에 의한 가계저축에 관하여는 제81조제5항 내지 제8항과 제87조제2항의 규정을 준용한다.

제18조 (금융기관의 대손충당금 손금산입 특례에 대한 경과조치) 이 영 시행당시 종전의 제46조제2항제8호의 금융기관에 대하여는 종전의 제46조제3항의 규정을 적용한다.

제19조 (합병조합의 중복자산명세서 제출에 관한 경과조치) 제47조제1항의 개정규정에 의하여 합병조합의 동일한 용도의 자산이 2개 이상이 된 경우에는 이 영 시행일부터 6월 이내(6월 이내에 당해자산을 양도하는 경우에는 그 양도일전을 말한다)에 법 제50조제2항제2호의 규정에 의한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제20조 (원천징수특례를 적용받은 세금우대저축에 관한 경과조치등) 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률 부칙 제12조제1항의 규정에 의하여 세금우대종합저축으로 보는 세금우대저축에 대하여는 동 저축의 만기시까지 종전의 제83조 내지 제88조 및 제90조의 규정과 부칙 제17조의 개정규정을 적용한다.

제21조 (사회간접자본시설 사용료에 관한 경과조치) 법률제6045호 조세특례제한법중개정법률의 시행전에 종전의 제106조제5항의 규정에 의한 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.

제22조 (차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입에 관한 경과조치) 이 영 시행당시 종전의 제129조제6항제12호 내지 제15호의 규정을 적용받던 주식에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.

부칙(행정권한의위임및위탁에관한규정) <제16669호,1999.12.31>

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조 생략

제3조 (다른 법령의 개정) ①및 ②생략

③조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제116조의13제2항 및 제3항을 각각 제3항 및 제4항으로 하고, 동조에 제2항을 다음과 같이 신설하며, 동조제3항(종전의 제2항) 및 제4항(종전의 제3항)중 "제1항"을 각각 "제1항 및 제2항"으로 한다.

②재정경제부장관은 수출자유지역에서의 외국인투자에 대하여는 법 제121조의2 및 법 제121조의4의 규정에 의한 조세감면신청ㆍ감면내용변경신청 또는 사전확인신청의 접수, 조세감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부의 결정 및 통지에 관한 권한을 산업자원부장관에게 위탁한다.

부칙 <제16584호,1999.10.30>

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조 (양도소득세등에 관한 적용례) 제32조 및 제39조제2항제2호 나목의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제3조 (복권당첨소득의 범위에 관한 적용례) 제93조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 당첨되는 복권당첨소득분부터 적용한다.

제4조 (세액공제액의 추징에 관한 적용례) 제137조제7항제4호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 과잉생산설비의 폐기에 대한 세액공제를 받는 분부터 적용한다.

제5조 (대도시권의 범위에 관한 적용례) 별표 7의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 공장을 지방이전하는 분부터 적용한다.

제6조 (과잉생산설비의 폐기에 대한 세무서장의 확인절차에 관한 경과조치) 산업자원부장관이 제24조의2제1항의 규정에 의한 업종을 정하기 전에 과잉생산설비를 이미 폐기한 내국인에 대하여는 산업자원부장관이 당해업종을 정한 날부터 30일 이내에 관할세무서장에게 제24조의3제1항의 규정에 의한 세액감면신청서를 제출하여 확인을 받은 후 당해과세연도의 과세표준신고와 함께 폐기세액공제신청서를 관할세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 법 제27조의2의 규정을 적용한다.<개정 2000.1.10>

제7조 (가계장기저축 및 근로자주식저축에 관한 경과조치) 제81조제5항 내지 제7항의 개정규정은 구 조세감면규제법시행령(대통령령 제15976호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제75조의3 및 동시행령 제75조의4의 규정에 의한 가계장기저축 및 근로자주식저축에 관하여 이를 준용한다.

부칙(선박안전법시행령) <제16574호,1999.10.11>

제1조 (시행일) 이 영은 1999년 10월 16일부터 시행한다.

제2조 생략

제3조 (다른 법령의 개정) ①생략

②조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제106조제6항제26호중 "한국선박안전기술원"을 "선박검사기술협회"로 한다.

부칙(오수ㆍ분뇨및축산폐수의처리에관한법률시행령) <제16508호,1999.8.6>

제1조 (시행일) 이 영은 1999년 8월 9일부터 시행한다.

제2조 내지 제5조 생략

제6조 (다른 법령의 개정) ①내지 ③생략

④조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제22조제1항제2호중 "축산폐수정화시설과 오수정화시설"을 "축산폐수처리시설과 오수처리시설"로 한다.

⑤내지 ⑧생략

부칙(전기공사업법시행령) <제16448호,1999.6.30>

제1조 (시행일) 이 영은 1999년 7월 1일부터 시행한다.

제2조 및 제3조 생략

제4조 (다른 법령의 개정) ① 및 ②생략

③조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제106조제4항중 "건설산업기본법ㆍ전기공사업법 또는 소방법에 의하여 면허를 받은 자와 정보통신공사업법에 의하여 허가를 받은 자 및 주택건설촉진법에 의하여 등록을 한 자"를 "건설산업기본법ㆍ전기공사업법ㆍ소방법ㆍ정보통신공사업법 및 주택건설촉진법에 의하여 등록을 한 자"로 한다.

④생략

제5조 생략

부칙 <제16431호,1999.6.30>

①(시행일) 이 영은 1999년 7월 1일부터 시행한다.

②(투자가 완료되지 아니하는 경우의 투자세액공제에 대한 특례) 제23조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999년 12월 31일 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999년 12월 31일까지 투자한 분에 대하여는 1999년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조제3항의 규정을 적용한다. 이 경우 투자금액의 계산에 관하여는 제4조제3항의 규정을 준용한다.

부칙 <제16366호,1999.5.24>

①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

②(외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업의 사업에 대한 조세감면의 적용례) 제116조의2제3항제2호의 규정은 2001년 12월 31일까지 외국인투자촉진법에 의하여 신고하는 외국인투자로서 2005년 12월 31일까지 출자의 목적물을 납입완료하는 분에 한하여 적용한다.<개정 2000.1.10>

③(다른 법령과의 관계) 이 영 시행당시 법령에서 종전의 외국인투자촉진법시행령 제9조 내지 제18조 및 제33조를 인용하고 있는 경우에는 이 영 제116조의2 내지 제116조의12를 인용한 것으로 본다.

부칙(과학기술혁신을위한특별법시행령) <제16184호,1999.3.12>

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조 내지 제4조 생략

제5조 (다음 법령의 개정) ①생략

②조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제93조제3호중 "한국종합기술금융주식회사법에 의하여 설립된 한국종합기술금융주식회사가 동법에 의하여 발행하는"을 "과학기술혁신을위한특별법 제7조의2의 규정에 의한"으로 한다.

부칙 <제15976호,1998.12.31>

제1조 (시행일) 이 영은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제25조제1항제8호ㆍ제2항제11호, 제35조, 제36조, 제42조 내지 제44조와 제46조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.

제2조 (일반적 적용례) ①이 영중 소득세ㆍ법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

②이 영중 양도소득세ㆍ특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제3조 (사회간접자본투자준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제25조제1항제8호ㆍ제2항제11호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 종료하는 사업연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.

제4조 (외국사업자에 대한 환급최저금액에 관한 적용례) 제107조제4항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 공급받는 분부터 적용한다.

제5조 (지방세에 관한 적용례) 제116조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 합병하는 분부터 적용한다.

제6조 (재평가특례에 관한 적용례) 제138조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 기업공개시한이 도래하는 분부터 적용한다.

제7조 (기술인력개발비 세액공제에 관한 적용례) 별표 6 기술개발란의 파목의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.

제8조 (정부업무대행단체의 업무에 대한 부가가치세 면제에 관한 경과조치) 제106조제6항의 개정규정을 적용함에 있어서 대통령령 제15563호 부가가치세법시행령중개정령 부칙 제6조 및 제7조제2항중 지방공단에 관한 규정은 이를 계속 적용한다.

제9조 (다른 법령의 개정) ①농어촌특별세법시행령중 다음과 같이 개정한다.

제4조제1항제1호를 다음과 같이 한다.

1. 조세특례제한법 제66조ㆍ제67조ㆍ제68조ㆍ제69조ㆍ제72조제1항(제1호 및 제5호의 법인을 제외한다)ㆍ제77조 [조세특례제한법 제69조제1항제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 한한다]ㆍ제70조ㆍ제84조ㆍ제101조ㆍ제102조 및 제118조제1항제2호의 규정에 의한 감면

제4조제4항중 "조세감면규제법시행령 제63조제2항"을 "조세특례제한법시행령 제75조제2항"으로 하고, 동조제6항제1호 및 제2호를 각각 다음과 같이 하며, 동조동항제3호중 "조세감면규제법 제81조제1항제2호"를 "조세특례제한법 제89조제1항제2호"로 하고, 동조제7항중 "조세감면규제법의"를 "조세특례제한법의"로 한다.

1. 조세특례제한법 제10조 내지 제14조, 제18조, 제19조, 제60조 내지 제63조, 제64조, 제65조, 제78조제1항제9호, 제81조, 제82조, 제118조제1항제1호 및 제4호의 규정에 의한 감면

2. 조세특례제한법 제89조제1항제2호의 규정에 의한 출자금의 배당금에 대한 감면 및 동법시행령 제83조제1항제1호의 규정에 의한 장학적금의 이자에 대한 감면

제4조제1항제4호, 동조제6항제6호 및 제10조중 "내무부장관이 재정경제원장관과"를 "행정자치부장관이 재정경제부장관과"로 하고, 제12조중 "재정경제원장관에게"를 "재정경제부장관에게"로 한다.

②농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재에대한부가가치세영세율적용에관한특례규정중 다음과 같이 개정한다.

제1조중 "조세감면규제법(이하 "법"이라 한다) 제99조제4호 및 제5호"를 "조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제105조제5호 및 제6호"로 하고, 제2조제1항ㆍ제2항 및 제3조제1항 내지 제6항중 "법 제99조제4호"를 각각 "법 제105조제5호"로 하며, 제2조제3항 및 제3조제7항중 "법 제99조제5호"를 각각 "법 제105조제6호"로 하고, 제4조 본문 및 제5조중 "법 제99조제4호 및 제5호"를 각각 "법 제105조제5호 및 제6호"로 하며, 제3조제3항 내지 제7항 및 제4조제1호ㆍ제2호, 제5조 및 제7조중 "총리령"을 각각 "재정경제부령"으로 한다.

③증권거래세법시행령중 다음과 같이 개정한다.

증권거래세법시행령 제3조제1항제2호 내지 제4호 및 제8호를 삭제한다.

제10조 (다른 법령과의 관계) 이 영 시행당시 다른 법령에서 종전의 조세감면규제법시행령 및 그 규정을 인용한 경우에는 이 영 및 이 영의 해당 각 조항을 인용한 것으로 본다.