조세특례제한법 시행령

[일부개정]

◇ 개정이유

고용확대와 일자리 창출을 위하여 중소기업과 취약계층의 고용에 대한 세제지원을 강화하는 한편, 근로장려세제를 개편하여 서민ㆍ중산층에 대한 지원을 강화하고, 출산장려를 위하여 자녀장려세제를 도입하며, 경영회생 지원을 위한 농지매매 양도소득세 과세특례제도를 도입하고, 중소기업창업투자회사 등의 코넥스 상장기업 출자 시 주식양도차익 및 배당소득세를 비과세하는 등의 내용으로 「조세특례제한법」이 개정됨에 따라,

서비스산업과 물류산업에 대한 세제지원을 확대하고, 성장동력 확충을 위하여 연구개발업에 대한 세제지원을 강화하며, 문화산업에 대하여 중소기업 세제지원을 적용하고, 소규모 농어업 기업에 대한 감면을 확대하며, 소기업ㆍ소상공인에 대한 소득공제를 확대하고, 시간선택제 근로자의 취업 기회를 확대하며, 근로장려세제와 자녀장려세제의 구체적인 기준을 정하는 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 규정하는 한편, 기업구조조정에 대한 지원을 확대하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

◇ 주요내용

가. 조세지원 대상 중소기업 업종의 확대(제2조제1항)

중소기업이 기계장치와 설비 등에 투자하는 경우에 받는 중소기업 투자 세액공제의 대상 업종에 무형재산권 임대업, 연구개발지원업과 사회서비스업 중 일부 업종을 추가함.

나. 세액감면 대상 물류산업 범위의 확대(제5조)

다른 물류산업을 영위하는 기업과의 형평성을 높이기 위하여 세액감면 지원 대상 물류산업의 범위에 「도선법」에 따른 도선업을 추가함.

다. 중소기업 특별세액감면 적용 범위 확대(제6조제5항제2호, 제6조제6항제12호ㆍ제13호 신설)

1) 농업과 어업을 지원하기 위한 중소기업 특별세액감면을 적용할 때 작물재배업과 어업의 소기업 해당 여부 판단기준인 종업원 수를 현행 10명 미만에서 50명 미만으로 완화함.

2) 문화산업 지원을 위하여 중소기업 특별세액감면을 적용할 때 지식기반산업의 범위에 서적ㆍ잡지 및 그 밖에 인쇄물출판업과 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외)을 추가함.

라. 대ㆍ중소기업 상생협력 출연금 세액공제의 합리화와 활용도 제고(제7조의2 및 별표 1)

대ㆍ중소기업 상생협력 기금의 출연금 지원대상에서 특수관계인에 대한 지원은 제외하고, 기금의 사용목적에 기존 생산성향상시설장비의 개수ㆍ보수 비용을 포함함.

마. 중견기업의 요건의 신설(제10조제1항, 제22조의2제2항, 제22조의3제2항 및 제22조의4제2항 신설, 제23조제3항)

연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 등 일부 투자세액공제에 중견기업 공제율 구간이 신설됨에 따라 3년 평균 매출액 3천억원 미만 등 중견기업의 구체적인 요건을 정함.

바. 기술혁신형 합병ㆍ주식취득에 대한 세액공제 신설에 따른 세부적인 사항 규정(제11조의3 및 제11조의4 신설)

기술혁신형 중소기업의 범위를 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 벤처기업으로 확인받은 기업 등으로 정하고, 기술신용보증기금 등에서 평가한 금액 등을 기술가치금액으로 하는 등 관련 사항을 정하고 세부 절차 등을 마련함.

사. 엔젤투자에 대한 세제지원의 확대(제14조제2항)

개인의 벤처기업투자에 대한 소득공제 대상에 벤처기업과 동일한 수준의 기술성평가 요건을 충족하는 창업 후 3년 이내 중소기업에 대한 투자를 포함함.

아. 고용창출투자세액공제 적용대상 업종의 확대(제23조제1항)

고용창출투자세액공제 적용대상 업종에 무형재산권 임대업, 연구개발지원업, 항공운송업과 전시산업 등을 추가함.

자. 양질의 시간선택제 근로자 고용 시의 세액공제 확대(제23조제8항 및 제27조의4제5항)

고용창출투자와 사회보험료 세액공제 제도의 고용증가 인원 계산과 관련하여 상시근로자 수를 계산할 때 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자로서 상시근로자와 시간당 임금 등에서 차별이 없는 근로계약을 체결하는 등의 요건을 모두 충족하는 시간선택제 근로자 1명의 경우에는 현행 0.5명에서 0.75명으로 그 기준을 높여 계산함.

차. 근로시간 단축으로 일자리를 나누는 기업과 근로자에 대한 지원 요건의 구체화(제27조의3제1항, 제27조의3제4항제6호 신설)

근로시간 단축으로 일자리를 나누는 기업과 근로자에 대한 시간당 임금계산 방법을 구체화하고, 고용의 질이 하락하는 것을 방지하기 위하여 상시근로자 수를 계산할 때 1개월간 근로시간이 60시간 미만인 근로자는 상시근로자 수에서 제외하도록 함.

카. 비상장 주식교환 과세특례 대상 전략적 제휴 요건 등의 신설(제43조의7 신설)

전략적 제휴를 위한 주식교환에 대한 과세특례가 신설됨에 따라, 기술ㆍ정보ㆍ시설ㆍ인력 및 자본 등의 협력에 관한 사항을 포함하고 제휴 사업에서 발생하는 손익의 분배방법을 정할 것 등의 전략적 제휴를 위한 계약의 요건 등을 정하고, 과세특례의 절차 등을 마련함.

타. 기업매각 후 벤처기업 등 재투자 시의 과세특례 관련 규정의 신설(제43조의8 신설)

기업매각 후 재투자에 대한 과세특례 신설에 따라 매각대상기업의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 50 또는 매각대상기업의 주주 본인이 보유한 주식의 100분의 80 이상을 양도할 것 등의 경영권 이전의 요건과 재투자를 통한 과세이연을 받기 위한 절차 등을 마련함.

파. 합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례 대상 업종의 확대(제44조의4제1항)

합병에 따른 중복자산 양도차익 과세이연 대상 업종에 제약업 외에 의료용 기기 제조업, 선박 건조업, 해상 운송업, 건설업 등을 추가함.

하. 고소득 작물재배업 농업법인 과세 전환(제63조제1항 및 제65조제1항)

과세로 전환하는 고소득 작물재배업의 기준을 조합원당 연간 수입금액 6억원을 초과하는 영농조합법인의 식량작물재배업소득을 제외한 작물재배업소득과 연간 수입금액 50억원을 초과하는 농업회사법인의 식량작물재배업소득을 제외한 작물재배업소득으로 정함.

거. 농지ㆍ초지 현물출자 시 자경요건의 합리화(제63조제4항)

농업인이 영농조합법인ㆍ농업회사법인에 농지ㆍ초지를 현물출자하는 경우 양도소득세 면제 적용 대상을 해당 농지ㆍ초지 소재지 등에서 4년 이상 거주하면서 직접 경작한 농업인으로 한정함.

너. 8년 자경농지 양도세 감면 시 자경기간 계산방법의 보완(제66조제14항 및 제66조의2제13항 신설)

자경농지 및 축사와 이에 딸린 토지에 대한 양도소득세 감면 적용 시 총급여액과 농업ㆍ축산업ㆍ임업ㆍ부동산임대 소득을 제외한 사업소득금액의 합계가 3천 700만원 이상인 과세기간은 농지를 경작한 기간과 직접 축산에 사용한 기간에서 제외함.

더. 농지대토에 대한 양도세 감면제도의 합리화(제67조)

농지대토에 대한 양도소득세 감면 요건 중에서 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작하여야 하는 기간을 3년에서 4년으로 연장하고, 총급여액과 농업ㆍ축산업ㆍ임업ㆍ부동산임대 소득 등을 제외한 사업소득금액의 합계가 3천 700만원 이상인 과세기간은 농지를 경작한 기간에서 제외하는 등 세부적인 감면요건을 합리적으로 조정함.

러. 소기업ㆍ소상공인 공제부금에 대한 소득공제 불입금액 한도의 인상(제80조의3제1항)

소기업ㆍ소상공인에 대한 지원을 위하여 소기업ㆍ소상공인 공제부금에 대한 소득공제의 분기별 불입금액 한도를 210만원에서 300만원으로 인상함.

머. 소형주택 임대사업자에 대한 세액감면 기준의 구체화(제96조 신설)

소형주택 임대사업자에 대한 세액감면 요건으로 세법상 사업자등록과 「임대주택법」상 임대사업자등록을 할 것을 규정하고, 주택요건으로 국민주택규모의 주택으로서 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것을 규정하는 등 세액감면 기준을 정함.

버. 근로장려금 지원제도의 합리화(제100조의2부터 제100조의4까지 및 제100조의14)

1) 근로장려금은 가구별로 신청하는 점을 고려하여 근로장려금의 신청대상에서 제외되는 사업자의 범위에 그 배우자를 포함함.

2) 인적 용역을 제공하는 사업자는 현재 적용대상에서 제외되는 단기간 근로자와 유사하게 연중 부정기적으로 용역을 제공하는 점을 고려하여 연간 총소득을 환산하여 총소득기준금액에 적용하는 대상에서 제외함.

3) 재산의 종류별 형평성을 높이기 위하여 재산 가액의 합계에 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄회원권 등을 포함함.

4) 근로장려금 신청자의 신청자격 확인 등을 위하여 국세청장이 자료를 요청할 수 있는 기관과 자료의 범위를 추가함.

서. 자녀 장려를 위한 조세특례 제도의 시행을 위한 세부적인 규정 신설(제100조의28부터 제100조의31까지 신설)

자녀장려금의 신청 대상과 서류 등을 정하고, 자녀장려금산정표를 신설하며, 자녀장려금 결정ㆍ환급 등에 관하여 근로장려금의 해당 규정을 준용하도록 하는 등 자녀장려세제의 시행을 위하여 필요한 사항을 정함.

어. 정비사업조합 설립인가 등의 취소에 따른 채권의 손금산입(제104조의23 신설)

시공자 등이 조합 등과 합의 없이 채권금액ㆍ증명자료 등을 내용으로 하는 채권의 포기에 관한 확인서를 세무서장에게 제출하는 경우에도 채권의 손금산입 특례를 적용함.

저. 부가가치세 면제대상 정부업무의 대행 단체의 추가(제106조제7항)

부가가치세가 면제되는 정부업무 대행 단체의 범위에 2014인천장애인아시아경기대회조직위원회, 2015세계물포럼조직위원회 및 2015경북문경세계군인체육대회조직위원회와 전자수입인지의 판매ㆍ관리를 정부로부터 위탁받은 기관 등을 추가함.

처. 부가가치세 면제대상 희귀병치료제의 범위 조정(제106조제14항)

부가가치세가 면제되는 희귀병치료제의 범위에서 뮤코다당증 Ⅱ형 치료제를 제외하고, 발작성 야간 헤모글로빈뇨증 치료제를 추가함.

커. 외국인관광객 숙박용역 부가가치세 환급(제109조의2 신설)

외국인관광객 등에 대한 숙박용역의 객실 종류별 공급가액을 전년 같은 기간보다 높게 공급하지 아니하는 등의 요건을 갖춘 관광호텔로서 문화체육관광부장관이 정하여 고시한 호텔에서 외국인관광객 등이 숙박용역을 공급받은 경우 부가가치세를 환급받을 수 있는 절차 등을 정함.

터. 재활용폐자원 등 매입세액공제 특례의 세부 범위 조정(제110조제4항)

직전 거래 단계에서 매입세액을 공제받은 중고자동차를 중고자동차 수집사업자가 매입하는 경우에 대해서는 재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제특례를 적용하지 아니하도록 하여 이중공제를 방지함.

퍼. 조세조약 등을 체결하지 아니하여 조세감면대상에서 제외되는 국가 또는 지역 규정(제116조의2제13항)

내국인의 우회투자를 통한 조세감면 방지를 위하여 조세조약 또는 투자보장협정을 체결하지 아니한 레바논과 키프로스 등 9개 국가는 조세감면대상에서 제외함.

허. 증자의 조세감면 관련 감면제한 요건 강화(제116조의6)

신규 설비 투자유도를 위하여 현행 감면종료사업 자산의 고도기술수반사업 등 증자분 사업에 대한 재사용 요건을 50 퍼센트 이상에서 30 퍼센트 이상으로 조정함.

고. 금 현물시장에서 거래되는 금지금(金地金)에 대한 과세특례와 관련한 절차 등 세부적인 사항에 관한 규정의 신설(안 제121조의7 신설)

금 현물시장에서 거래되는 금지금에 대한 과세특례가 신설됨에 따라 대상이 되는 금지금을 원재료 상태로서 순도가 1만분의 9999 이상인 금으로 정하고, 금지금을 매매거래하기 위하여 한국거래소가 개설하는 시장을 금 현물시장으로 하며, 금 현물시장에 최초 공급하는 금지금에 대하여 세금계산서를 발급하도록 하고, 금지금을 인출할 경우의 공급가액을 이동평균법을 통하여 산출하도록 하는 등 금 현물시장에서의 금지금 거래와 관련된 절차와 관세면제의 요건 등을 마련함.

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