조세특례제한법 시행령

[일부개정]

◇ 개정이유

산업ㆍ경제구조의 저변을 공고히 하고 성장동력을 확충하기 위하여 중소기업과 중견기업에 대한 세제지원을 확대하고, 고용 확대와 일자리 창출을 위하여 경력단절 여성을 재고용한 중소기업과 근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세제지원을 신설하며, 주주에 대한 고배당 유인 구조를 마련하기 위하여 고배당기업 주식에 대한 배당소득 과세특례를 신설하는 등의 내용으로 「조세특례제한법」이 개정됨에 따라,

투자 및 서비스업에 대한 세제지원을 확대하고, 안전설비와 환경보전설비에 대한 투자세액공제의 적용 대상을 확대하며, 근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세제 지원 및 고배당기업 주식에 대한 배당소득 과세특례 제도의 구체적인 요건과 기준을 정하는 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하는 한편,

세제지원의 대상이 되는 중소기업의 규모기준을 매출액 기준으로 간소화하고, 세제지원의 대상이 되는 중견기업의 요건을 정비하며, 지방이전세제 및 양도소득세 과세특례 등의 적용요건을 합리적으로 조정하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

◇ 주요내용

가. 세제지원 대상 중소기업의 규모기준 조정(제2조제1항)

「조세특례제한법」상 세제지원의 대상이 되는 중소기업의 규모기준에 대하여 종전에는 상시종업원 수, 자본금 및 매출액을 기준으로 적용하던 것을 매출액 기준으로 통일하여, 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」에 따른 규모 기준 이내일 것으로 조정함.

나. 세제지원 대상 중견기업의 요건 조정(제4조제1항, 제9조제4항 및 제10조제1항)

「조세특례제한법」상 세제지원의 대상이 되는 중견기업의 요건 중 독립성 요건을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니할 것에서 소유와 경영의 실질적인 독립성이 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」에 적합할 것으로 확대하여, 자산총액이 5조원 이상인 기업이 해당 기업의 주식 또는 출자지분의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유하면서 최다출자자인 경우 등에도 중견기업에 해당하지 아니하도록 함.

다. 기술이전 및 기술대여 소득에 대한 세액감면 제도 구체화(제11조)

1) 기술이전으로 발생하는 소득에 대하여 세액을 감면받는 중견기업의 요건을 직전 3년 과세연도 매출액의 평균금액이 3,000억원 미만인 기업 등으로 함.

2) 기술대여로 발생하는 소득에 대한 세액감면과 관련하여 과세특례의 대상이 되는 자체 연구ㆍ개발한 특허권 등의 범위를 중소기업이 최초로 설정등록받은 특허권 및 실용신안권과 내국인이 스스로 연구ㆍ개발한 과학기술분야의 기술비법으로 구체화함.

라. 벤처기업 임직원의 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 제도 구체화(제14조의3 신설)

적격주식매수선택권을 행사할 때 소득세를 과세받지 아니하고 해당 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식을 양도할 때 양도소득세를 과세받을 수 있는 특례를 적용받는 벤처기업 임직원의 범위를 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하지 아니하는 주주 등으로 정하고, 적격주식매수선택권의 요건을 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것 등으로 정하는 등 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 제도를 구체화 함.

마. 안전설비 투자세액공제 대상 시설의 확대(제22조제1항제6호의2 및 같은 조 제3항 신설)

안전설비 투자세액공제의 대상이 되는 시설에 유해화학물질 취급시설의 안전유지를 위한 시설과 일정 요건에 해당하는 소방자동차를 추가함.

바. 환경보전시설 투자세액공제 대상 시설의 확대(제22조의3제1항제1호)

환경보전시설 투자세액공제의 대상이 되는 시설에 「토양환경보전법」상 권장 설치ㆍ유지ㆍ관리기준에 적합한 토양오염방지시설을 추가함.

사. 고용창출투자세액공제 추가공제율 우대 대상 서비스업의 범위(제23조제4항 신설)

고용창출투자세액공제를 적용할 때 1퍼센트포인트 추가공제율을 우대받을 수 있는 서비스업의 범위를 고용창출투자세액공제 적용대상 업종 중에서 농업, 어업, 광업, 제조업, 건설업 및 일반도시가스사업을 제외한 업종으로 설정함.

아. 서비스업 감가상각비의 손금산입특례 제도의 구체화(제25조 신설)

설비투자자산에 대한 감가상각비를 각 과세연도의 결산을 확정할 때 손금으로 계상하였는지와 관계없이 손금에 산입할 수 있는 특례를 적용받는 서비스업의 범위를 고용창출투자세액공제 시 추가공제율을 우대받는 서비스업으로 정하고, 해당 설비투자자산에 대한 상각범위액의 계산방법 및 특례적용 절차 등을 구체화 함.

자. 근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제(제26조의4 신설)

근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 제도가 신설됨에 따라, 해당 세액공제를 적용받을 수 있는 기업의 요건과 관련하여 상시근로자의 범위를 임원이나 근로소득 금액이 1억2천만원 이상인 자 등이 아닌 근로자로 하고, 상시근로자 수 및 평균임금 등의 계산방법과 특례적용 절차를 정함.

차. 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면제도 개선(제27조제2항)

건강보험료 등의 납부사실이 확인되지 아니하는 사람의 경우에는 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 대상에서 배제하고 있으나, 앞으로는 의료급여 수급자 등 건강보험 가입대상에서 제외됨에 따라 보험료 등의 납부사실이 확인되지 아니하는 자의 경우에는 소득세 감면을 받을 수 있도록 함.

카. 가업의 사전승계에 대한 증여세 과세특례 요건 합리화(제27조의 6)

가업의 승계에 대한 증여세 과세특례를 적용받기 위하여 수증자가 갖추어야 할 요건을 수증자의 배우자가 갖춘 경우에도 과세특례를 적용받을 수 있도록 하는 한편, 수증자가 가업을 승계한 후 대표이사직을 유지하여야 하는 기간을 증여일부터 10년까지에서 7년까지로 단축하고, 수증자가 상장요건을 갖추기 위하여 증여받은 주식 등을 처분하는 경우에는 증여받은 지분이 줄어들지 아니한 것으로 보는 등 사후관리 요건을 완화함.

타. 중소기업 간의 통합 및 법인전환으로 취득한 주식 등에 대한 가업승계 지원(제28조 및 제29조)

중소기업 간의 통합 및 법인전환으로 취득한 주식 등에 대하여 양도소득세의 이월과세가 적용되는 경우 가업의 승계에 대한 증여세 과세특례가 적용되는 주식 등에 대해서는 그 취득한 주식 등을 증여하더라도 사후관리 요건을 위반한 것으로 보지 아니하되, 사후관리 기간을 적용할 때 해당 주식 등을 증여받은 자와 증여자가 주식 등을 보유한 기간을 합하여 계산하도록 함.

파. 법인 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 데 따른 양도차익에 대한 법인세 과세특례 합리화(제57조제8항, 제57조제12항 신설)

법인의 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 경우에 해당 이전으로 발생한 양도차익에 대하여 과세이연된 금액을 익금에 산입하는 사유 발생의 판단 시점을 이전일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 지난 후로 완화하고, 이전 전의 업종과 이전 후의 업종이 한국표준산업분류상의 세분류의 범위에서 같도록 함.

하. 과세특례의 적용 요건 중 거주지 요건 완화(제63조제4항, 제64조제3항, 제66조제1항, 제66조의2제1항, 제67조제1항 및 제74조제1항)

농지 등을 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 면제 특례 및 8년 이상 직접 경작한 토지의 양도에 대한 양도소득세 세액감면 특례 등을 적용할 때 거주자 등에 대한 거주지 요건을 농지 등의 소재지에서 20킬로미터 이내에 거주할 것에서 30킬로미터 이내까지 거주할 수 있도록 완화함.

거. 영농조합법인에 농지 등을 현물출자한 경우의 양도소득세 감면 요건 보완(제63조제6항, 제63조제14항 신설)

1) 농업인이 영농조합법인에 농지 또는 초지를 현물출자한 경우의 양도소득세 감면과 관련하여, 8년 이상 농지를 경작할 것의 요건을 판단할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작한 경우에만 피상속인이 경작한 기간을 상속인이 경작한 기간으로 합산하되, 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간도 포함될 수 있도록 함.

2) 피상속인 또는 거주자의 영농 관련 소득을 제외한 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 연간 3,700만원 이상인 과세기간이 있는 경우에는 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 영농에 종사하지 아니한 것으로 보아 경작한 기간에서 제외하도록 함.

너. 영농자녀가 증여받는 농지 등에 대한 증여세 감면 요건 합리화(제68조)

1) 영농자녀가 증여받은 농지 등에 대한 증여세 감면요건 중 자경농민의 거주지 요건을 농지의 소재지 등에서 20킬로미터 이내에 거주할 것에서 30킬로미터 이내까지 거주할 수 있도록 완화하여 감면을 받을 수 있는 대상을 확대함.

2) 영농자녀가 증여받은 농지 등에 대한 증여세 감면요건 중 영농자녀의 요건에서 농지의 소재지 등에 거주하여야 하는 요건과 증여일 전 3년 이상 영농 등에 종사하고 있을 것의 요건을 폐지하고, 증여세 과세표준 신고기한까지 증여받은 농지 등에서 직접 영농에 종사할 것의 요건으로 완화함.

3) 자경농민 또는 영농자녀의 영농 관련 소득을 제외한 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 연간 3,700만원 이상인 과세기간이 있는 경우에는 그 자경농민 또는 영농자녀가 영농에 종사하지 아니한 것으로 보아 증여세 감면을 적용하지 아니하도록 함.

더. 기부장려금단체의 지정요건 및 절차 등 규정(제71조 신설)

기부장려금 단체의 지정과 관련하여 납세협력의무와 회계투명성 등을 고려하여 기부금영수증을 사실과 다르게 발급하지 아니하고, 기부금 세액공제 증명서류를 국세청장에게 제출하며, 회계감사를 받을 것 등으로 회계투명성 보장 등을 위한 요건을 정하고, 기부장려금단체의 지정을 취소할 수 있는 사유를 1천만원 이상의 상속세 또는 증여세를 추징당한 경우 및 해당 사업연도 지출액의 80퍼센트 이상을 직접 고유목적사업에 지출하지 아니한 경우 등으로 정함.

러. 공익사업 대토보상 양도소득세 과세특례 제도의 정비(제73조)

공익사업으로 인하여 대토보상을 받은 경우 양도소득세 과세이연뿐 아니라 세액의 감면을 적용받을 수 있게 됨에 따라 감면 세액의 계산방법과 사후관리 요건 위반 시 납부하여야 하는 금액의 계산방법을 정하고, 양도소득세를 과세이연받은 후 대토보상을 현금보상으로 전환하는 경우에 총 보상에 따른 납부해야할 세액과 이미 납부한 세액의 차이만큼을 납부하도록 명확히 규정함.

머. 소기업ㆍ소상공인 공제부금 과세방식 변경에 따른 근속연수 계산방식 규정(제80조의3제3항 신설)

소기업ㆍ소상공인이 소기업ㆍ소상공인 공제부금을 납입한 후 폐업이나 노령 등의 사유로 지급받는 소기업ㆍ소상공인 공제금을 이자소득에서 퇴직소득으로 전환함에 따라, 해당 퇴직소득에 대한 소득세를 계산할 때의 근속연수 계산방법을 공제부금 납입월수를 12로 나눈 연수로 하도록 함.

버. 장기주택마련저축 특별해지사유 개선(제81조)

장기주택마련저축의 계약을 체결한 후 계약일부터 7년 이내에 계약을 해지한 경우 등에는 감면받은 세액을 추징하도록 하고 있는바, 계약을 해지하더라도 추징하지 아니하는 사유에 저축해지 후 3개월 이내에 주택을 취득한 경우를 추가하고, 해당 추징 면제의 절차를 규정함.

서. 비과세종합저축의 저축원금 계산방법 규정(제82조의2)

이자소득 또는 배당소득에 대하여 소득세 비과세의 특례를 받는 비과세종합저축과 관련하여 저축원금은 거주자가 가입한 모든 비과세저축의 계약금액의 총액으로 하도록 하고, 원금에 전입되는 이자 및 배당 등은 비과세종합저축으로 보되, 계약금액의 총액을 계산할 때에는 산입하지 아니하도록 하며, 비과세종합저축의 계약기간의 만료일 이후 발생하는 이자소득 및 배당소득에 대해서는 비과세특례를 적용하지 아니하도록 합리화 함.

어. 재형저축의 완화된 의무가입기간 적용 대상 규정(제92조의13제6항)

7년에서 3년으로 완화된 재형저축의 의무가입기간을 적용받을 수 있는 대상을 중소기업에 재직하는 자로서 최종학력이 고등학교 졸업 이하이고, 가입일 현재 기준 연령이 15세 이상 29세 이하인 자로 정함.

저. 월세 세액공제의 대상 및 공제금액 산정방법 규정(제95조 신설)

월세액에 대한 세액공제를 적용받는 무주택 세대주의 범위를 정하고, 공제받을 수 있는 월세액의 요건을 국민주택규모의 주택 및 오피스텔로서 주민등록표와 임대차계약증서상 주소지가 같은 경우 등으로 정하며, 공제받을 수 있는 월세액의 산정방법을 규정함.

처. 준공공임대주택의 의무임대기간 충족 여부 판단규정 등 추가(제96조)

준공공임대주택을 87개월 이상 임대한 경우에는 임대소득에 대한 세액감면을 적용받을 수 있는 요건 중 8년 이상 임대하여야 하는 요건을 충족하는 것으로 보고, 사후관리 요건을 위반하여 감면받은 세액을 다시 납부하여야 하는 경우에 준공공임대주택의 임대기간이 5년 이상 8년 미만인 경우에는 감면받은 세액의 60퍼센트와 이자 상당 가산액을 납부하도록 함.

커. 매입임대주택 등의 준공공임대주택 전환 특례(제97조의3제4항)

준공공임대주택에 대한 양도소득세 과세특례와 관련하여 기존의 민간건설임대주택 또는 매입임대주택을 준공공임대주택으로 전환하여 등록하는 경우 기존 민간건설임대주택 또는 매입임대주택으로 임대한 기간의 50퍼센트를 준공공임대주택의 임대기간에 포함하여 산정하도록 함.

터. 준공공임대주택에 대한 양도소득세 감면(제97조의5 신설)

준공공임대주택으로 등록 후 10년 이상 계속하여 준공공임대주택으로 임대할 것 등의 요건을 갖춘 준공공임대주택의 양도소득세 감면 특례와 관련하여, 준공공임대주택을 계속하여 임대한 경우를 구체화하고 양도소득세 감면의 대상이 되는 임대기간 중 발생한 양도소득의 계산방법과 감면절차 등을 규정함.

퍼. 임대주택 부동산투자회사의 현물출자자에 대한 과세특례(제97조의6 신설)

임대주택 부동산투자회사에 토지 또는 건물을 현물출자함으로써 발생하는 양도차익에 대하여 양도소득세의 납부 또는 법인세의 과세를 이연하는 특례 제도와 관련하여 과세이연 방법 및 사후관리 요건을 위반하여 이연받은 금액을 납부하거나 익금에 산입하는 경우의 해당 금액 계산방법과 이연절차 등을 규정함.

허. 준공후미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례(제98조의7 신설)

준공후미분양주택을 취득하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 대한 양도소득세 과세특례 제도와 관련하여 「주택법」에 따른 사용검사 또는 「건축법」에 따른 사용승인을 받은 후 2014년 12월 31일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2015년 1월 1일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택으로 하되, 실제로 거래한 가액이 6억원을 초과하거나 연면적이 135제곱미터를 초과하는 주택 등의 경우에는 제외하도록 그 적용 대상을 구체화하고, 과세특례를 적용받는 양도소득금액의 계산방법과 감면절차 등을 규정함.

고. 재산의 합계액 판정 시 포함되는 재산의 범위 확대(제100조의4제3항제4호)

근로장려금의 신청자격 판단과 관련하여 재산의 합계액의 판정기준에 포함되는 재산의 범위에 현금을 추가함.

노. 근로장려금을 신청할 때 종합소득과세표준 확정신고를 한 것으로 보는 영세 자영업자의 범위 신설(제100조의7제7항 신설)

근로장려금을 신청할 때 종합소득과세표준 확정신고를 한 것으로 보는 대상에 단순경비율 적용대상자로서 종합소득금액이 본인에 대한 기본공제액 이하인 자를 추가함.

도. 사업소득에 대한 근로장려금 결정방법 개선(제100조의8제1항)

사업자가 근로장려금신청서 등에 기재한 수입금액이 객관적으로 인정되는 수입금액과 차이가 있는 경우에는 「소득세법 시행령」 또는 「부가가치세법 시행령」에 따른 추계방법 또는 그 밖에 국세청장이 합리적이라고 인정한 방법에 따라 검증하여 확정된 수입금액을 기준으로 근로장려금을 결정하도록 함.

로. 근로장려금 신청자격 확인 등을 위한 자료요청 대상 기관 및 요청자료 추가(제100조의14)

근로장려금의 신청자격 확인 등을 위하여 국세청장이 자료의 제공을 요청할 수 있는 기관에 여신전문금융업협회, 한국토지주택공사 및 에스에이치(SH)공사를 추가하고, 요청할 수 있는 자료에 신용카드회원 등의 대금결제 관련자료와 임대차계약서의 임차보증금 관련 자료를 추가함.

모. 고배당기업 주식의 배당소득에 대한 과세특례의 적용 대상 및 절차 등 마련(제104조의24 신설)

고배당기업 주식의 배당소득에 대한 과세특례를 적용받을 수 있는 고배당기업의 요건을 기본적으로 배당성향과 배당수익률이 각각 시장평균의 120퍼센트 이상이고 총배당금액 증가율이 10퍼센트 이상인 기업 또는 배당성향과 배당수익률이 각각 시장평균의 50퍼센트 이상이고 총배당금액 증가율이 30퍼센트 이상인 기업으로 하고, 배당성향, 배당수익률, 총배당금액 증가율 등의 계산 방법 등을 규정함.

보. 부가가치세 영세율 적용대상에 위생깔개 추가(제105조제2항제18호)

장애인에 대한 지원을 확대하기 위하여 장애인용 위생깔개를 부가가치세 영세율 적용대상에 포함하도록 함.

소. 부가가치세 면제 대상 정부업무대행단체의 범위에 농협경제지주회사와 그 자회사를 추가(제106조제7항제5호)

농업협동조합의 구조조정을 지원하기 위하여 부가가치세를 면제받는 정부업무대행단체 중 농협협동조합중앙회에 농업협동조합 구조조정에 따라 설립된 농협경제지주회사와 그 자회사를 포함하도록 하여 부가가치세 면제 대상 정부업무대행단체의 범위를 확대함.

오. 부가가치세 매입자납부 특례 대상 금 관련 웨이스트와 스크랩의 범위 설정(제106조의9제1항)

부가가치세 매입자납부 특례의 대상이 되는 금 관련 웨이스트와 스크랩의 범위를 금 함유량이 0.001퍼센트 이상인 웨이스트와 스크랩으로 규정함.

조. 외교관 면세 차량의 양도 시 개별소비세 징수 면제 사유 규정(제112조의5 신설)

외교관이 개별소비세를 면제받은 자동차를 불가피하게 양도 제한기간 내에 처분하는 경우에는 개별소비세를 징수하지 아니하도록 하게 됨에 따라 외교관이 본국이나 제3국으로 이임(移任)하는 경우와 외교관 이 사망한 경우 등 개별소비세의 징수를 면제하는 구체적인 사유를 규정함.

초. 파생상품 시장조성자에 대한 증권거래세 면제 특례(제115조제1항부터 제4항까지 신설)

증권거래세를 면제받을 수 있는 금융투자업자의 범위를 한국거래소와 파생상품시장업무규정에 따라 시장조성계약을 체결한 투자매매업자로 정하고, 시장조성계약에 따라 주식선물이나 주식옵션을 거래하는 과정에서 발생하는 가격변동 위험을 회피하기 위하여 그 주식선물이나 옵션의 기초자산인 주권을 전용 계좌를 통하여 양도하는 경우에 특례를 적용받을 수 있도록 하는 등 특례 적용의 대상과 절차 등을 정함.

코. 부가통신사업자를 통한 재화 또는 용역의 공급 시 현금영수증 발급방법 개선(제121조의3제12항)

현금영수증은 공급하는 자의 명의로 발급한다는 원칙에 따라, 통신판매업자가 부가통신사업자를 통하여 재화 등을 공급하고 그 대가를 부가통신사업자를 통하여 받는 경우에도 공급하는 통신판매업자의 명의로 현금영수증을 발급하도록 개선함.

토. 문화접대비의 적용대상 확대(제130조)

문화관련 접대비의 손금불산입특례 적용대상에 문화예술 관련 강연의 입장권 구입비용과 초빙강사에 대한 강연료 등을 추가함.

포. 건축물에 대한 각종 투자 세액공제 사후관리 기간 연장(제137조제3항 신설)

안전설비 투자 세액공제 및 고용창출 투자 세액공제 등 투자 세액공제를 적용받은 자산으로서 숙박시설, 전문휴양시설, 사립 공공도서관, 박물관, 미술관 및 창고시설 등에 대해서는 사후관리 기간을 현행 2년에서 5년으로 연장하여, 투자완료일로부터 5년이 지나기 전에 해당 자산을 처분하는 경우 감면세액을 추징하도록 함.

호. 대ㆍ중소기업협력재단 출연 시 세액공제를 적용받는 출연금 사용 목적 추가(별표 1)

대ㆍ중소기업 상생협력을 촉진하기 위하여 대ㆍ중소기업협력재단에 출연할 경우 세액공제를 받을 수 있는 출연금의 사용의 목적에 협력중소기업의 안전설비에 대한 투자 지원 등을 추가함.

<법제처 제공>