조세특례제한법 시행령

[일부개정]

◇ 개정이유

경제구조를 안정화하고 성장동력을 확충하기 위하여 일몰이 도래하는 과세특례 제도의 적용기한을 연장하고, 중소기업 투자세액공제의 적용기한을 연장하는 등 중소기업에 대한 세제지원을 확대하며, 양질의 일자리 창출을 지원하기 위하여 정규직 전환 근로자에 대한 근로소득증대세제를 확대하고, 청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 제도를 신설하는 등의 내용으로 「조세특례제한법」이 개정됨에 따라,

상생결제 지급금액에 대한 세액공제, 산업재산권 현물출자 이익에 대한 과세특례, 청년고용증대세제, 개인종합자산관리계좌 및 해외주식 투자전용펀드 신설에 따른 구체적인 요건과 기준을 정하는 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하는 한편,

중소기업 업종에 보안시스템 서비스업을 추가하고, 세제지원의 대상이 되는 소기업 규모기준을 매출액 기준으로 간소화하며, 법인세, 양도소득세 및 부가가치세 과세특례 등의 적용요건을 합리적으로 조정하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

◇ 주요내용

가. 세제지원 중소기업 대상 업종 확대(제2조제1항)

안전관련 투자지원을 확대하기 위하여 세제지원 중소기업 업종에 보안시스템 서비스업을 추가함.

나. 소기업 판단기준 일원화(제6조제5항)

소기업의 고용 촉진을 위하여 중소기업특별세액 감면이 우대 적용되는 소기업 기준을 종전 상시종업원 수 및 매출액 기준에서 매출액 기준으로 일원화함.

다. 상생결제 지급금액에 대한 세액공제 신설(제6조의4 신설)

상생결제 지급금액에 대한 세액공제 규정이 신설됨에 따라 상생결제제도 및 현금성결제 금액의 범위 등 상생결제 지급과 관련된 제도 운영에 필요한 사항을 규정함.

라. 기술혁신형 합병 또는 주식취득 시 세액공제 대상 기업 확대(제11의3제1항제4호 및 제11의4제2항제4호 신설)

세액공제가 가능한 합병 또는 주식취득 대상기업을 현행 벤처기업, 기술혁신형 중소기업 등에서 신기술ㆍ신제품 인증 기업 등을 추가하여 세액공제 대상을 확대함.

마. 엔젤투자자 양도소득세 과세특례 범위 확대(제13조제1항제1호 및 제2호)

엔젤투자자의 출자주식에 대한 양도소득세 과세특례 대상기업을 창업 5년 이내 벤처기업으로 확대하고, 추가 출자 시 일정요건 하에서 과세특례를 확대함.

바. 엔젤투자 소득공제 대상기업 확대(제14조제2항)

엔젤투자 소득공제 대상기업에 연구개발투자금액 연간 3천만원 이상(지식기반서비스업의 경우 2천만원 이상)인 창업 3년 이내 중소기업을 추가함.

사. 개인이 벤처기업에 산업재산권 현물출자 시 양도소득세 과세이연(제14조의4 신설)

벤처기업에 산업재산권을 현물출자 시 과세하지 아니하고 출자로 취득한 주식양도 시 양도소득세로 과세할 수 있는 과세이연 특례가 적용되는 산업재산권의 종류, 적용대상, 제출서류 및 취득가액 계산방법 등을 정함.

아. 고용창출 투자세액공제 대상업종 확대(제23조제1항제7호의2 신설)

투자 및 고용 지원을 위하여 직전 과세연도보다 상시근로자 수가 감소하지 아니한 중소기업에 대하여 투자금액의 일정 부분을 세액공제하는 고용창출 투자세액공제 대상 업종에 음식점업을 추가함.

자. 고용창출 투자세액공제 등 상시근로자 계산방법 보완(제23조제11항제2호라목 및 제27조의4제5항제2호라목)

중소기업의 일자리 창출을 지원하기 위하여 고용창출투자세액공제 등을 적용할 때 단시간 근로자로서 상시근로자 0.5명이 아닌 0.75명으로 인정하는 요건을 중소기업의 경우 시간당 임금이 최저임금액의 130퍼센트 이상에서 120퍼센트 이상으로 완화함.

차. 경력단절여성 재고용 중소기업에 대한 세액공제 요건 완화(제26조의3제3항제1호 신설)

경력단절 여성의 재취업을 지원하기 위하여 경력단절여성 재고용 중소기업에 대한 세액공제 적용사유에 퇴직 후 2년 이내에 임신하거나 난임시술을 받은 경우를 추가함.

카. 정규직 전환 근로자에 대한 근로소득증대세제 우대적용(제26조의4제13항부터 제15항까지 신설)

비정규직 근로자의 정규직 전환 지원을 위하여 정규직 전환 근로자의 임금 증가액에 대한 세액공제 적용 대상이 되는 정규직 전환 근로자의 범위, 임금증가분 합계액 계산방법 및 추징세액 계산방법 등을 규정함.

타. 청년고용증대세제 신설(제26조의5 신설)

청년 일자리 창출을 위한 청년고용증대세제가 도입됨에 따라 청년고용증대세제 적용제외 업종, 정규직 근로자 및 상시근로자의 범위, 근로자 수 계산방법 및 근로자 수 감소 시 추징세액 계산방법 등을 규정함.

파. 중소기업 핵심인력 성과보상기금 수령액 소득세 감면의 적용 제외대상 등(제26조의6 신설)

중소기업 핵심인력 성과보상기금 수령액 소득세 감면의 적용 제외 대상을 최대주주와 그 배우자 및 최대주주와 그 배우자의 직계 존ㆍ비속 및 친족으로 정하고, 감면과 관련된 계산방법 및 신청절차 등을 규정함.

하. 중소기업 취업자 소득세 감면의 적용 제외대상 조정 등(제27조제5항, 제8항 및 제9항)

중소기업 취업자 소득세 감면을 국민연금 가입 대상이 되지 아니하는 자에 대해서도 적용하고, 감면 적용 시 근로소득세액공제 적용 방법을 명확하게 함.

거. 창업자금 증여세 과세특례 요건 보완(제27조의5)

부모가 자녀에게 중소기업 창업 목적으로 증여한 창업자금에 대하여 증여세를 과세이연하는 과세특례 제도의 창업자금 범위를 창업 기업 경영에 직접 사용되는 사업용자산의 취득 자금으로 구체화 함.

너. 사업전환중소기업ㆍ무역조정지원기업 세액감면 요건 완화(제30조의2제3항 및 제4항)

사업전환 중소기업 및 무역조정지원기업에 대한 세액감면 적용을 위한 전환전사업 매출비중 요건을 총매출액의 100분의 30 이하에서 100분의 50 이하로, 전환사업 매출비중 요건을 총매출액의 100분의 70 이상에서 100분의 50 이상으로 완화함.

더. 지주회사 설립을 위한 지원(제35의3제3항 신설)

내국법인이 현물출자로 취득한 지주회사의 주식을 순수지주회사 설립을 위한 적격분할로 인하여 처분하는 경우에는 현물출자 시 과세이연 받은 금액을 다시 이연함.

러. 어업용토지의 현물출자에 대한 자영(自營)요건 합리화(제64조제3항, 제64조제5항 및 제11항 신설)

어업회사법인에 어업용 토지 등을 현물출자하는 경우 양도소득세 감면 대상을 해당 토지 등에 4년 이상 거주하면서 직접 어업에 종사한 어업인으로 한정하고, 상속받은 어업용 토지를 1년 이상 계속하여 직접 어업에 사용한 경우만 상속인과 피상속인의 경작기간을 통산하며, 총급여와 사업소득 합계가 3천700만원 이상인 과세기간은 직접 어업에 종사한 기간에서 제외하도록 요건을 보완함.

머. 기부장려금 신청서 제출 근거 마련 및 기부장려금단체 지정 신청 기간 추가(제71조제2항 및 제3항, 제71조제10항 신설)

기부장려금의 조기 정착 등을 위하여 2016년 3월 1일부터 3월 31일까지의 기간에 기부장려금단체 지정신청을 할 수 있도록 하고, 기부자가 기부금에 대한 세액공제 상당액을 당초 기부금을 받은 기부장려금단체가 지급받을 수 있도록 하기 위해서는 기부장려금 신청서를 해당 기부장려금단체에 제출하도록 함.

버. 고위험고수익투자신탁 비우량채권 보유비율 조정(제93조제3항제1호)

분리과세되는 고위험고수익투자신탁에 편입되는 비우량채권과 코넥스 상장주식의 평균보유비율을 100분의 45 이상으로 상향 조정함.

서. 해외주식투자전용집합투자기구에 대한 과세특례 신설(제93조의 3 신설)

해외주식투자전용집합투자기구의 과세특례 신설에 따라 해외주식투자전용집합투자증권저축, 납입금액 계산방법, 해외주식투자전용집합투자기구의 요건 및 해외상장주식의 범위 등을 규정함.

어. 개인종합자산관리계좌에 대한 과세특례 도입(제93조의4 신설)

1) 개인종합자산관리계좌의 과세특례 신설에 따라 가입대상인 농어민의 범위를 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」에 따른 농업인 또는 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」에 따른 어업인으로 규정함.

2) 편입 가능한 금융상품으로 환매조건부 채권 또는 증권과 부동산투자회사 증권을 규정하며, 가입절차 및 가입대상의 확인ㆍ관리 방법 등 제도운용에 필요한 세부사항을 규정함.

저. 소형주택 임대사업자에 대한 세제지원 확대(제96조제2항부터 제6항까지)

1) 민간 임대주택의 공급을 확대하기 위하여 세액감면을 받을 수 있는 임대주택의 요건 중 기준시가 요건을 임대개시일 당시 3억원 이하에서 6억원 이하로 확대함.

2) 일반 소형임대주택의 의무임대기간이 4년으로 단축됨에 따라 일반 소형임대주택을 43개월 이상 임대한 경우에는 임대소득에 대한 세액감면을 적용받을 수 있는 요건을 충족하는 것으로 보도록 함.

처. 기업형임대사업자에 대한 토지 양도소득세 과세특례 사후관리 등 (제97조의7 신설)

기업형임대사업자에게 토지를 양도한 경우 양도소득세의 감면 시 감면대상 양도소득 계산 방법, 특례 신청 절차 및 사후관리 방법 등을 신설함.

커. 재기중소기업인에 대한 체납처분유예 특례 적용을 위한 체납액 기준 완화 등(제99조의6)

재기중소기업인에 대한 체납처분유예 특례 적용을 위한 체납액 기준을 신청일 당시 2천만원 미만에서 3천만원 미만으로 완화하고, 재기중소기업인에 대한 징수유예 특례 적용을 위한 대상, 요건, 유예기간 및 유예 취소사유를 체납처분유예 특례의 적용대상, 요건, 유예기간 및 유예 취소사유와 동일하게 규정함.

터. 근로장려세제의 1세대 범위 조정(제100조의4제1항)

근로장려금 산정을 위한 1세대의 범위를 거주자, 배우자 및 이들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 직계존비속으로 한정하여 1세대의 범위에서 형제자매를 명시적으로 제외함.

퍼. 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례 대상 확대(제104조의7제1항제3호 신설)

크루즈산업 육성 지원을 위하여 국제순항 크루즈선 운항 사업을 법인세 과세표준 계산특례 대상에 추가함.

허. 기업의 맞춤형 교육비용에 대한 세액공제 적용대상 확대(제104조의17제1항 신설)

취업과 학업을 병행할 수 있는 제도적 기반을 구축하기 위하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 적용대상을 현행 대학교와 산업수요맞춤형고등학교 등의 직업교육훈련과정이나 학과에 운영비를 지급하는 기업에서, 고등기술학교와 산업수요 맞춤형 학과 또는 과정을 설치한 일반고등학교의 직업교육훈련과정이나 학과에 운영비를 지급하는 기업까지로 확대함.

고. 2018 평창 동계올림픽대회 및 장애인동계올림픽대회 관련 법인세 면제대상 외국법인 추가(제104조의25 신설)

2018 평창 동계올림픽대회 및 장애인동계올림픽대회의 개최를 지원하기 위하여 대회 운영에 직접 관련된 활동을 수행하는 국제경기연맹 또는 국제장애인경기연맹 등의 외국법인을 법인세 면제대상에 추가함.

노. 정부업무대행단체에 비상장품목거래 중도매인 추가(제106조제7항)

농수산물 가격안정 및 농어민 부담경감을 위하여 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체의 범위에 비상장품목 취급 중도매인을 추가함.

도. 외국인관광객 미용성형 의료용역에 대한 부가가치세 등 사후환급의 세부 적용방법 등(제109조의3 신설)

1) 외국인관광객이 「의료법」에 따른 특례적용의료기관에서 환급대상 의료용역을 공급받은 경우 환급창구운영사업자로부터 의료용역에 대한 부가가치세액을 환급받을 수 있도록 하고, 부가가치세액을 환급한 환급창구운영사업자는 특례적용의료기관 사업자로부터 해당 부가가치세액을 지급받을 수 있도록 함.

2) 부가가치세액을 지급한 특례적용의료기관 사업자가 부가가치세액을 공제받으려는 경우에는 환급ㆍ송금증명서를 송부받은 날이 속하는 과세기간의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 관할 세무서장에게 신고할 때에 의료용역공급확인서와 환급ㆍ송금증명서를 함께 제출하도록 함.

3) 특례적용의료기관 사업자가 의료용역공급확인서를 허위로 적어 교부하거나 의료법에 따라 보건복지부장관에게 등록한 유치업자 이외의 자가 유치한 외국인관광객에게 의료용역을 공급하여 외국인관광객이 환급받도록 한 경우 등은 해당 특례적용의료기관 사업자로부터 해당 부가가치세액 및 가산세를 징수하도록 함.

로. 증권거래세 면제 특례대상 확대(제115조제5항부터 제7항까지 신설

주가지수파생상품 시장조성자 및 주식 시장조성자를 증권거래세 면제대상에 추가하고, 적용대상을 한국거래소와 시장조성계약을 체결한 투자매매업자로 규정하며, 주식파생상품 또는 주가지수파생상품 등을 시장조성전용 주식계좌를 통하여 거래되도록 하는 등 제도의 운영에 필요한 세부사항을 규정함.

모. 외국인투자 조세감면신청 협의절차 효율화(제116조의13제1항)

기획재정부장관은 외국투자가의 조세감면신청, 감면내용 변경신청 또는 사전확인신청 시 이에 대한 관계부처 협의절차를 대한무역투자진흥공사의 장 등에게 위탁할 수 있도록 함.

보. 매입자 납부특례 대상 사업자의 수입금액 증가 등에 대한 세액공제 요건 추가(제117조의4제2항 신설)

매입자 납부특례 대상 사업자의 과다한 세액공제를 방지하기 위하여 수입금액 증가분 계산시 직전년도 매입자납부 수입금액을 사업자의 과세연도 단위로 환산하여 계산하도록 함.

소. 문화접대비 손금산입 대상 비용 확대(제130조제5항제11호 및 제12호 신설)

기업의 건전한 소비문화 정착을 유도하고 문화ㆍ예술비 지출을 지원하기 위하여 손금산입 대상 비용에 해당 기업이 직접 개최하는 문화예술행사비와 문화체육관광부의 후원을 받아 진행하는 문화예술행사 등에 지출하는 경비를 추가함.

오. 행정구역 개편에 따른 수도권 과밀억제권역 외 지역 이전 기업의 세액감면에 관한 경과조치 신설(대통령령 제24368호 조세특례제한법 시행령 일부개정령 부칙 제32조 신설)

납세자가 예측하기 어려운 사정 변경에 대하여 납세자의 신뢰를 보호하고 공장이전 등에 일정기간이 소요되는 점을 감안하여 행정구역 개편 전에 공장시설 또는 본사의 매입계약을 체결한 경우, 공장설립 등의 승인을 받은 경우, 공장 건축허가를 받은 경우 등 실질적으로 행정구역 개편 전의 지역으로 공장 등의 이전에 착수하고 행정구역 개편 후 3년 이내에 그 이전을 완료하여 사업을 개시하는 경우에는 행정구역 개편 전 지역을 기준으로 지역이전 기업의 세액감면을 적용받을 수 있도록 함.

조. 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 연구관리직원 제외(별표 6)

연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 적용대상에서 연구관리직원에 대한 인건비를 제외함.

초. 신성장동력산업ㆍ원천기술 연구개발비 세액공제 대상기술 재조정(별표 7 및 별표 8)

신성장동력 R&D 지원의 실효성을 제고하기 위하여 신성장동력산업ㆍ원천기술 분야별 대상기술에 지능형 사물인터넷, 착용형 스마트기기, 플렉서블 디스플레이, 스마트 헬스케어, 하이퍼 플라스틱 소재, 스마트 자동차 등 관련 기술을 추가하되, 대체원유 청정화 연료시스템, 건설용 LED 조명기기 제조기술, 청정연료 가스액화정제 기술을 제외함.

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