조세특례제한법 시행령

[일부개정]

◇ 개정이유

청년창업기업에 대한 세액감면율을 상향조정하고, 일정한 내국법인의 벤처기업 등 출자에 대한 세액공제를 신설하며, 신성장기술의 사업화를 위한 시설투자에 대한 세액공제를 신설하는 등의 내용으로 「조세특례제한법」이 개정됨에 따라, 청년창업기업의 범위를 정하고, 벤처기업 등에 출자를 하고 세액공제를 받을 수 있는 내국법인의 범위 등을 정하며, 신성장기술의 사업화를 위한 시설 등을 정하는 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하는 한편,

고용ㆍ투자ㆍ연구개발 등에 대한 세제지원의 대상이 되는 중소기업의 범위를 확대하고, 어업회사법인이 공급하는 어업경영 및 어작업 대행용역에 대하여 부가가치세를 면제하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

◇ 주요내용

가. 세제지원의 대상인 중소기업의 업종 확대(제2조제1항)

중소기업에 대한 투자세액공제 등 고용ㆍ투자ㆍ연구개발 세제지원 대상이 되는 중소기업의 업종을 종전에는 농업ㆍ제조업ㆍ건설업 등 52개 업종으로 정하였으나, 앞으로는 소비성서비스업을 제외한 모든 업종으로 확대함.

나. 청년창업기업의 범위(제5조제1항 신설)

세액감면의 대상이 되는 청년창업기업의 범위를 개인사업자로 창업하는 경우에는 대표자가 창업 당시 15세 이상 29세 이하인 사람 등인 기업으로 하고, 법인으로 창업하는 경우에는 대표자가 창업 당시 15세 이상 29세 이하인 사람 등인 동시에 최대주주 또는 최대출자자인 기업으로 함.

다. 대ㆍ중소기업 상생협력에 대한 세제지원 확대(제7조의2제6항부터 제10항까지 신설)

내국법인이 협력중소기업에 무상임대를 하여 세액공제를 받을 수 있는 유형고정자산을 연구개발을 위한 연구ㆍ시험용 자산으로서 기획재정부령으로 정하는 자산으로 하고, 해당 세액공제를 받으려는 경우에는 해당 자산을 창업보육센터 등과 연계하여 지원하는 창업기업에 해당 자산을 무상으로 5년 이상 임대하도록 함.

라. 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 대한 공제율 확대(제9조제2항)

중견기업 또는 대기업의 신성장동력ㆍ원천기술 연구개발비에 대한 세액공제율을 20퍼센트에 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 3배를 곱한 비율을 더한 비율로 함.

마. 지역특구 입주기업에 대한 세제지원 감면한도의 대상 서비스업의 범위(제11조의2제7항, 제116조의14제6항, 제116조의15제8항, 제116조의21제8항, 제116조의25제7항, 제116조의26제10항, 제116조의27제6항 신설)

기업도시 등 지역특구 입주기업 중 상시근로자의 수에 2천만원을 곱한 금액과 투자누계액 전액 중 적은 금액이 종전의 세액감면한도를 초과하는 경우 해당 금액을 한도로 세액을 감면할 수 있는 기업의 범위를 소비성서비스업을 제외한 모든 서비스업을 영위하는 기업으로 함.

바. 벤처기업 등에 대한 출자에 따른 세액공제를 받을 수 있는 내국법인의 범위 등(제12조의2 신설)

1) 벤처기업 등에 출자를 하고 세액공제를 받을 수 있는 내국법인의 범위를 중소기업창업투자회사, 신기술사업금융업자, 벤처기업출자유한회사 및 기금운용법인 등을 제외한 모든 내국법인으로 함.

2) 세액공제를 받은 내국법인이 출자에 따른 주식 또는 출자지분을 취득한 후 5년 이내에 피출자법인의 지배주주 등에 해당하게 된 경우에는 주식 또는 출자지분에 대한 세액공제액 상당액에 공제받은 사업연도의 과세표준 신고일 다음 날부터 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고일까지의 기간에 1만분의 3을 곱한 이자상당가산액을 더하여 납부하도록 함.

사. 안전설비 투자 등에 대한 세액공제 대상에 추가되는 내진보강 설비(제22조제1항제12호 신설)

안전설비 투자 등에 대한 세액공제 대상에 「건축법」에 따른 구조 안전 확인 대상이 아닌 건축물과 건축 당시 법령에 따라 구조 안전 확인 대상이 아닌 건축물에 설치되는 내진보강설비를 추가함.

아. 신성장기술 사업화시설 투자에 대한 세액공제(제22조의5 신설)

1) 세액공제를 받을 수 있는 신성장기술의 사업화를 위한 시설투자의 대상을 신성장동력ㆍ원천기술 분야별 대상기술을 사업화하는 시설로서 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회의 심의를 거쳐 산업통상자원부장관이 인정하는 사업용 자산으로 함.

2) 세액공제를 받을 수 있는 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비의 요건을 전체 연구ㆍ인력개발비에서 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율이 100분의 10 이상이거나 신성장동력ㆍ원천기술 분야별 대상기술을 해당 기업이 연구ㆍ개발하여 최초로 설정등록받은 특허권을 보유하고 있을 것으로 함.

3) 세액공제를 받은 내국인에게 해당 시설의 투자완료일부터 3년 이내에 그 자산을 다른 목적에 전용하는 경우에는 공제받은 세액에 상당하는 금액에 공제받은 과세연도의 과세표준 신고일 다음 날부터 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고일까지의 기간에 1만분의 3을 곱한 이자상당가산액을 더하여 납부하도록 함.

자. 영상콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제(제22조의6 신설)

1) 영상콘텐츠의 제작을 위하여 국내에서 발생한 비용 중 일정비용을 세액공제받을 수 있는 내국인을 「저작권법」에 따른 영상제작자로 함.

2) 비용에 대한 세액공제를 받을 수 있는 영상콘텐츠의 대상을 방송프로그램으로서 텔레비전방송으로 방송된 드라마 등 및 영화상영관에서 상영된 영화로 함.

3) 영상콘텐츠 제작비용 중 국가, 지방자치단체 등으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 비용으로 지출하는 금액과 국외에서 사용한 제작비용 등은 세액공제를 받을 수 있는 비용에서 제외함.

차. 고용창출투자세액공제의 대상업종 확대(제23조제1항)

고용창출투자세액공제의 대상업종을 종전에는 농업ㆍ제조업ㆍ건설업 등 49개 업종으로 하였으나, 앞으로는 소비성서비스업을 제외한 모든 업종으로 확대함.

카. 중소ㆍ중견기업 설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례(제25조의2 신설)

감가상각비 손금산입 특례를 적용받을 수 있는 설비투자자산을 차량, 운반구, 선박 등의 자산으로 하고, 상각범위액을 계산할 때 적용하는 내용연수는 기준내용연수에 그 기준내용연수의 100분의 50을 더하거나 뺀 범위에서 특례를 적용받는 중소기업 또는 중견기업이 선택하여 신고한 내용연수로 함.

타. 중소기업 고용증가인원에 대한 사회보험료 세액공제 확대(제27조의4제2항, 제27조의4제5항 신설)

1) 중소기업 상시근로자 중 청년 및 경력단절 여성의 고용증가인원에 대한 사회보험료는 100퍼센트 세액공제를 받을 수 있는바, 상시근로자 중 경력단절 여성을 해당 중소기업에서 1년 이상 근무하고 임신ㆍ출산 등의 사유로 퇴직하였던 등의 요건을 갖춘 여성으로 함.

2) 중소기업이 신성장 서비스업을 영위하는 경우 청년 및 경력단절여성이 아닌 상시근로자의 고용증가인원에 대한 사회보험료는 75퍼센트를 세액공제 받을 수 있는바, 신성장 서비스업을 컴퓨터 프로그래밍, 예술관련 서비스업, 엔지니어링사업 등으로 함.

파. 금융채무 상환을 위한 자산매각에 대한 과세특례 확대(제34조제6항제5호 신설)

부실징후기업 또는 구조개선기업인 중소기업이 한국자산관리공사와 체결한 재무구조개선계획에 따라 자산을 양도하는 경우 해당 양도차익에 대한 법인세의 과세를 이연함.

하. 재무구조개선계획에 따른 채무 인수 등에 대한 과세특례 확대(제36조제3항)

재무구조개선계획에 따라 자회사의 채무를 인수ㆍ변제하고 해당 금액을 손금으로 산입하는 특례를 적용하는 경우 종전에는 일정한 이월결손금에 일정비율을 곱한 금액을 한도로 손금에 산입할 수 있었으나, 앞으로는 채무를 인수ㆍ변제한 금액 전체를 손금에 산입할 수 있도록 함.

거. 주주 등의 자산양도에 대한 과세특례 확대(제37조제11항)

재무구조개선계획에 따라 자회사에 자산을 증여하고 증여한 자산의 가액을 손금으로 산입하는 특례를 적용하는 경우 종전에는 일정한 이월결손금에 일정비율을 곱한 금액을 한도로 손금에 산입할 수 있었으나, 앞으로는 증여한 자산의 가액 전체를 손금에 산입할 수 있도록 함.

너. 벤처기업 주식의 매각 후 재투자에 대한 과세특례의 요건 완화(제43조의8제5항)

벤처기업 등 주식의 매각 후 재투자에 대한 과세특례를 적용받는 경우 매각 후 재투자를 하여야 하는 기간을 종전에는 주식을 양도한 날부터 6개월 이내로 하였으나, 앞으로는 주식양도소득 예정신고 기간의 종료일부터 6개월 이내로 해당 기간을 연장함.

더. 합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례의 적용주체 확대(제44조의4제1항)

종전에는 의료용 물질 및 의약품 제조업, 의료용 기기 제조업 등 5개의 업종을 영위하는 내국법인의 경우에만 합병에 따라 발생한 중복자산의 양도차익에 대한 과세이연을 받을 수 있었으나, 앞으로는 해당 업종을 영위하는 내국법인 뿐만 아니라 1차 철강 제조업 등 3개의 업종을 영위하는 내국법인의 경우에도 해당 과세특례를 적용받을 수 있도록 함.

러. 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면 제도 보완(제60조제7항 신설)

수도권과밀억제권역 밖으로 시설을 전부 이전하여 세액을 감면받고 있는 중소기업에 대한 감면중단 사유를 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 경우 등으로 정함.

머. 기부장려금단체의 지정 요건 등(제71조제1항 및 제5항)

1) 기부금단체가 기부장려금단체로 지정을 받으려는 경우에는 지정 신청일이 속하는 연도의 3월 31일까지 직전연도의 연간 기부금 모금액 및 활용 실적을 공개하도록 함.

2) 기부자가 2개 이상의 단체에 대한 기부장려금을 신청한 경우에는 기부자의 기부장려금 신청 기부금 총액에서 단체별 기부장려금 신청 기부금액이 차지하는 비율에 따라 해당 단체의 기부장려금으로 각각 결정함.

버. 대토보상을 받은 토지를 상속ㆍ증여하는 경우에 대한 양도소득세 신고ㆍ납부기한 연장(제73조제5항)

공익사업 시행자에게 토지를 양도하고 그 대금을 토지로 받고 해당 부분에 대하여 세액을 감면받거나 과세를 이연받은 이후 해당 토지를 상속하거나 증여하는 경우 종전에는 해당 증여일 또는 상속개시일이 속한 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세를 신고ㆍ납부하였으나, 앞으로는 증여의 경우에는 증여일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내, 상속의 경우에는 상속개시일이 속한 달의 말일부터 6개월 이내에 양도소득세를 신고ㆍ납부하도록 그 기간을 연장함.

서. 박물관 등 이전에 대한 양도소득세 분할납부 과세특례(제78조 신설)

1) 박물관 등의 시설을 이전하는 경우 분할납부를 할 수 있는 양도소득세를 양도차익에 종전시설의 양도가액 중 신규시설의 취득가액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 양도소득세로 함.

2) 박물관 등 이전에 대한 양도소득세 분할납부 과세특례를 적용받고 있는 자가 박물관 등을 이전하지 아니하는 등의 사유가 있는 경우에는 납부하지 아니한 양도소득세 전액을 납부하도록 함.

어. 개인종합자산관리계좌의 가입에 필요한 서류 일원화(제93조의4제2항제1호)

개인종합자산관리계좌에 가입하는 경우 종전에는 원천징수영수증이나 소득의 지급확인서, 소득금액증명원 중 하나를 제출하였으나, 앞으로는 세무서장으로부터 발급받는 소득확인증명서만을 제출하도록 함.

저. 월세세액공제의 적용대상 확대(제95조제2항)

고시원을 임차하기 위하여 지급하는 월세액을 세액공제의 대상에 포함하고, 근로소득자의 기본공제대상자가 임대차계약을 체결한 경우에도 근로소득자가 월세액에 대한 세액공제를 받을 수 있도록 함.

처. 공모부동산투자회사의 현물출자자에 대한 과세특례(제97조의8 신설)

1) 내국법인이 공모부동산투자회사에 부동산을 현물출자하는 경우 발생하는 양도차익에 대한 과세를 이연받으려는 경우에는 현물출자로 취득하는 주식의 가액에 현물출자한 자산의 장부가액을 뺀 금액을 현물출자일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하도록 함.

2) 현물출자를 받은 공모부동산회사가 해산됨에 따라 과세를 이연받은 내국법인이 해당 이연받은 법인세액을 납부하는 경우 가산하는 이자상당가산액을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일의 다음날부터 익금에 산입하여야 할 압축기장충당금을 익금에 산입하는 사업연도의 종료일까지의 기간에 1일 1만분의 3의 율을 곱하여 계산한 금액으로 함.

커. 근로장려금 환급금의 계좌이체 및 수급사실의 증명(제100조의9제1항 및 제3항 신설)

근로장려금 수급자가 금융회사 등에 계좌를 개설하고 신고서를 제출한 경우에는 계좌이체방식으로 근로장려금을 지급받을 수 있도록 하고, 근로장려금 수급사실에 대한 증명이 필요한 경우에는 관할세무서장에게 해당 사실의 증명서의 발급을 요청할 수 있도록 함.

터. 외국 연ㆍ기금의 국내투자 시 소득원천별 과세 적용범위 확대(제100조의18제6항제4호나목 후단 신설)

동업기업인 경영참여형 사모집합투자기구가 투자목적회사를 통하여 지급받은 소득을 수동적동업자에게 배분하는 경우 해당 금액은 해당 투자목적회사가 지급받은 소득의 소득구분에 따르도록 함.

퍼. 자본확충목적회사에 대한 과세특례(제104조제1항 및 제2항)

특정 금융기관의 자본확충 지원이 목적인 자본확충목적회사가 자본확충을 지원하는 금융기관을 한국산업은행 및 한국수출입은행으로 하고, 자본확충목적회사의 자금조달 방식에 중소기업은행으로부터의 차입을 추가함.

허. 해외진출기업 국내복귀 세제지원 대상 및 요건 신설(제104조의21제4항 신설)

국내사업장이 있는 경우로서 해외에 있는 사업장을 부분 축소하면서 국내복귀하는 중소ㆍ중견기업이 일정한 요건을 갖추면 해외진출기업의 국내복귀에 따른 세액감면을 받을 수 있는 바, 그 요건을 「해외진출기업의 국내복귀 지원에 관한 법률」에 따른 기준에 따라 국외에서 해외사업장의 생산량을 50퍼센트 이상 축소한 경우로서 산업통상자원부장관이 확인하는 경우로 함.

고. 석유제품 전자상거래에 대한 세액공제(제104조의22제2항 신설)

석유제품 전자상거래에 대한 세액공제의 대상자 중 석유제품을 공급하는 자는 「석유 및 석유대체연료 사업법」에 따른 석유정제업자, 석유수출입업자 및 일반대리점으로 하고, 석유제품을 공급받는 자는 일반대리점, 주유소 및 일반판매소로 함.

노. 2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회의 지역별 독점방송중계권자에 대한 과세특례(제104조의25제7호 신설)

2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회의 개최를 지원하기 위하여 2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회에 대한 과세특례의 적용대상에 해당 대회의 지역별 독점방송중계권자를 추가함.

도. 어업회사법인이 공급하는 어업경영 및 어작업의 대행용역에 대한 부가가치세 면제(제106조제3항)

어민의 영어비용 경감을 지원하기 위하여 어업경영 및 어작업 대행용역에 대한 부가가치세가 면제되는 대상에 어업회사법인을 추가함.

로. 부가가치세를 면제하는 정부업무대행단체 추가(제106조제7항제6호, 제106조제7항제22호의2 및 제44호 신설)

정부업무를 대행하여 재화ㆍ용역을 공급하는 경우 해당 재화ㆍ용역에 대한 부가가치세가 면제되는 단체에 「수산업협동조합법」에 따른 조합공동사업법인과 「지방공기업법」에 따른 지방공사 등을 추가함.

모. 부가가치세를 면제하는 치료제 추가(제106조제14항제3호)

근육이양증환자의 치료를 지원하기 위하여 부가가치세를 면제하는 대상이 현재는 근육이양증환자의 치료에 사용할 근육모세포로 한정되었으나, 앞으로는 치료에 사용할 치료제로 그 범위를 확대함.

보. 금 관련 제품의 매입자 납부특례제도의 전용계좌 사용시 부가가치세액만 입금이 가능한 거래방식 추가(제106조의9제6항 및 제106조의13제5항)

납세협력비용 절감을 위하여 일정한 경우 금사업자가 전용계좌에 금 관련 제품의 가액을 제외한 부가가치세액만 입금할 수 있는 거래방식을 허용하고 있는바, 그러한 방식을 허용하는 거래로 전자채권과 외국환은행을 통하여 외화로 대금을 지급하는 거래를 추가함.

소. 경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세 환급에 관한 특례의 적용기한 연장(제112조의2제3항)

경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세 환급 특례의 적용기한이 2018년 12월 31일까지로 연장됨에 따라 연간 환급한도액의 산정기준을 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지에서 2017년 1월 1일부터 2017년 12월 31일까지로, 2016년 1월 1일부터 2016년 12월 31일까지에서 2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지로 각각 연장함.

오. 우정사업총괄기관의 차익거래에 대한 증권거래세 면제(제115조제8항 신설, 제115조제9항)

1) 우정사업총괄기관의 파생상품과 해당 파생상품의 기초자산인 주권의 가격 차이를 이용한 이익을 얻을 목적으로 주권을 양도하는 경우 증권거래세가 면제되는 대상인 파생상품의 범위를 주식선물, 코스피200선물, 코스닥150선물 등으로 함.

2) 우정사업총괄기관이 증권거래세를 면제받을 수 있는 차익거래를 하는 경우에는 금융투자업자를 통하여 차익거래 전용 계좌를 개설하도록 함.

조. 아시아문화중심도시 투자진흥지구 안 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면대상 확대(제116조의25)

아시아문화중심도시 투자진흥지구 안 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면대상이 되는 산업 중 출판업, 방송업 등 문화와 관련된 산업에 대해서는 투자금액과 관련된 요건을 30억원 이상 투자하는 경우에서 5억원 이상 투자하는 경우까지로 확대함.

초. 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제가 적용되는 범위조정(제121조의2)

1) 중고자동차를 신용카드 등으로 구입하는 경우 그 구입금액의 10퍼센트를 소득공제가 되는 신용카드 등 사용금액에 포함함.

2) 사업자 단위 과세 사업자로서 전통시장 구역 안의 사업장과 전통시장 구역 밖의 사업장의 신용카드 사용금액이 구분되지 아니하는 사업자는 전통시장 공제의 대상에서 제외함.

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