조세특례제한법 시행령

[일부개정]

◇ 개정이유

코로나바이러스감염증-19 피해를 조기에 극복하고 경제 활력을 제고하기 위하여 통합투자세액공제를 신설하고, 사회간접자본에 대한 투자 활성화를 위하여 공모 투융자집합기구에서 발생한 배당소득을 분리과세하는 과세특례 제도를 신설하는 등의 내용으로 「조세특례제한법」이 개정됨에 따라, 통합투자세액공제의 세부 요건을 정하고, 미래 성장동력 확보를 위하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 신성장ㆍ원천기술의 범위를 확대ㆍ조정하며, 특정사회기반시설 집합투자기구 투자자에 대한 과세특례의 세부요건을 규정하는 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하는 한편,

중소기업의 특허 조사ㆍ분석 비용을 공제대상에 추가하여 중소기업의 효율적인 연구개발 수행을 지원하고, 외국인 기술자에 대한 소득세 감면제도를 인력요건은 강화하되 취업기관의 범위를 확대하는 방향으로 재설계하며, 근로ㆍ자녀장려금 압류금지 기준금액을 상향조정하고, 근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리 요건을 합리화하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

◇ 주요내용

가. 연구 및 인력개발에 대한 조세특례

1) 중소기업창업투자회사 등의 소재ㆍ부품ㆍ장비 중소기업 출자 시 양도차익 비과세 요건 등(제12조의4 신설)

중소기업창업투자회사 등이 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」에 따라 선정된 특화선도기업에 해당하는 중소기업에 출자하여 취득한 주식 등을 양도함으로써 발생한 양도차익 등을 법인세 비과세대상으로 정하고, 비과세되는 양도차익 및 배당소득의 계산방법을 정함.

2) 외국인 기술자에 대한 소득세 감면제도 재설계(제16조제1항제2호)

외국인 우수 인력의 국내 유치를 지원하기 위하여 외국인 기술자에 대한 소득세 감면 요건 중 인력 요건을 이공계 등 학사 학위 이상 소지자로서 외국 대학ㆍ연구기관에서 5년 이상 근무 경험이 있는 자로 강화하되, 취업기관 요건은 국내 기업부설 연구소, 연구개발 전담부서, 대학 등으로 조정하는 방식으로 재설계함.

3) 연구ㆍ인력 개발비 세액공제 대상 확대(별표 6 제1호사목 및 제2호아목 신설)

세액공제 대상 연구개발비의 범위에 중소기업이 「발명진흥법」에 따라 지정된 산업재산권 진단기관에 지출한 특허 조사ㆍ분석 비용을 추가하고, 인력개발비의 범위에 표준화된 현장실습 과정을 운영하면서 사전 취업약정 등을 체결하고 현장실습 종료 후 채용한 대학생에게 현장실습 기간에 지급한 현장실습비를 추가함.

4) 신성장ㆍ원천기술 범위 확대(별표 7)

반도체ㆍ신재생에너지 등 신성장ㆍ원천기술 분야의 연구개발을 지원하기 위하여 연구ㆍ인력개발 비용 세액공제 대상이 되는 신성장ㆍ원천기술의 범위에 첨단 메모리반도체 설계 및 제조기술, 이산화탄소 활용 기술 등 디지털ㆍ그린 뉴딜 관련 기술을 추가함.

나. 통합투자세액공제의 세부요건 등(제21조 신설)

1) 소비성서비스업과 부동산임대 및 공급업을 제외한 업종을 경영하는 모든 내국인에 대해 통합투자세액공제를 적용하도록 함.

2) 토지와 건축물 등은 통합투자세액공제 대상 자산의 범위에서 제외하고, 종전의 특정시설투자세액공제 등의 적용을 받았던 연구시험용시설ㆍ직업훈련용시설, 에너지절약시설, 환경보전시설, 근로자복지증진시설, 운수업자가 해당 사업에 직접 사용하는 차량 및 운반구 등 사업에 직접 사용하는 시설은 세액공제 대상에 포함함.

3) 5세대 이동통신 기지국 운용을 위하여 필요한 설비로서 전기통신설비 중 교환설비, 전송설비 및 전원설비를 신성장사업화시설로 보아 통합투자세액공제 기본공제율이 우대 적용되도록 함.

다. 투자촉진을 위한 조세특례

1) 특정사회기반시설 집합투자기구 투자자에 대한 과세특례 요건(제24조 신설)

특정사회기반시설 집합투자기구의 유형을 부동산투자회사, 투융자집합투자기구, 부동산집합투자기구, 특별자산집합투자기구로 정하고, 특정사회기반시설 집합투자기구의 투자대상을 「사회기반시설에 관한 민간투자법」에 따른 자산 등에서 정보통신산업, 녹색산업 등과 관련된 것으로 인정된 사회기반시설 및 부동산에 관한 자산으로 정하는 등 과세특례의 세부요건을 정함.

2) 투융자집합투자기구 투자자에 대한 과세특례 요건(제24조의2 신설)

투융자집합투자기구 전용계좌의 계약기간은 1년 이상으로 하도록 하고 전용계좌 가입 전에 보유하고 있던 투융자집합투자기구의 집합투자증권을 전용계좌로 이체하는 것을 제한하는 등 과세특례의 세부요건을 정함.

라. 고용지원을 위한 조세특례

1) 근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 사후관리 합리화(제26조의4제15항)

정규직 전환 근로자의 임금증가분에 대한 세액공제를 받은 후 공제를 받은 과세연도 종료일부터 1년 내에 정규직 전환 근로자와의 근로관계를 종료하는 경우 종전에는 공제받은 세액에 이자상당액을 가산하여 납부했으나, 앞으로는 공제받은 세액만 납부하도록 함.

2) 60세 이상 근로자 고용 증대 기업에 대한 세액공제 금액 확대(제26조의7제3항제3호 신설)

기업의 고령자 고용에 대한 지원을 확대하기 위하여 직전 과세연도 대비 상시근로자 수가 증가한 기업에 대하여 적용하는 세액공제 우대 대상 근로자에 청년, 장애인, 국가유공자 외에 60세 이상인 근로자를 추가함.

마. 지방 이전기업 및 법인에 대한 세액감면 제도 개편(제60조 및 제60조의2)

수도권과밀억제권역 밖으로 공장을 이전하는 중소기업에 대한 세액감면과 법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우에 대한 세액감면을 공장이전기업 및 본사이전법인에 대한 세액감면으로 개편하고, 서로 다르게 정하고 있던 추징세액을 동일하게 정비하는 법률 개정 내용에 맞추어 조문 체계를 정비하며, 이전한 곳에서 일정기간 내 사업을 개시하지 않는 등 추징요건이 발생하면 소급하여 최대 5년간의 감면세액을 추징하도록 함.

바. 개인종합자산관리계좌 제도 정비(제93조의4)

개인종합자산관리계좌의 가입자가 투자중개업자와 체결하는 계약의 요건을 정하고, 개인종합자산관리계좌에서 발생하는 이자ㆍ배당소득에서 주식 양도차손을 공제하도록 하는 등 제도를 정비함.

사. 국민생활의 안정을 위한 조세특례

1) 월세세액공제 적용 대상 외국인 범위 구체화(제95조제4항 신설)

월세세액공제를 적용받을 수 있는 외국인 근로자의 범위를 「출입국관리법」에 따라 등록한 외국인 또는 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」에 따라 국내거소신고한 외국국적동포로서 해당 외국인의 배우자 및 직계존비속 등이 주택자금 공제를 받지 않은 근로자로 정함.

2) 소형주택 임대사업자에 대한 세액감면 감면세액 미추징 사유 규정 (제96조제5항 신설)

「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대사업자가 자발적으로 신청하여 등록이 말소되거나 의무임대기간이 경과하여 자동으로 등록이 말소되는 경우와 재개발ㆍ재건축 등으로 기존 임대주택이 멸실되는 경우에는 의무임대기간을 채우지 못하더라도 소형주택 임대사업자에 대하여 감면세액을 추징하지 않도록 함.

3) 양도소득세 장기보유특별공제 특례 적용 범위 명확화(제97조의3제5항 신설)

장기보유 특별공제액을 계산할 때 법에 따른 공제율을 기준시가를 기준으로 산정한 해당 임대기간 중 양도차익에 한정하여 적용하도록 함.

4) 감염병 피해에 따른 특별재난지역의 중소기업에 대한 법인세 등의 감면 대상 조정(제99조의10제1항제9호)

감염병 피해에 따른 특별재난지역에 소재한「의료법」에 따른 의료기관 중 병원급 의료기관 및 조산원을 2020년 6월 30일이 속하는 과세연도에 발생한 소득에 법인세 감면을 적용하는 중소기업의 범위에 추가함.

아. 근로ㆍ자녀 장려를 위한 조세특례 개선

1) 근로ㆍ자녀장려금 재산요건 판정 시 전세금 및 임차보증금 평가방법 조정(제100조의4제8항제2호의2)

직계존비속에게 주택을 임차한 경우 전세금 등을 국세청장이 고시하는 간주 전세금으로 평가하던 것을 앞으로는 임대차계약서에 따른 전세금과 간주 전세금 중 적은 금액으로 평가함.

2) 요구불예금의 평가방식 개선(제100조의4제8항제3호 단서 신설)

보통예금ㆍ저축예금 등의 요구불예금을 평가할 때 근로ㆍ자녀장려금의 지급연도 전년도 3월 2일부터 6월 1일까지의 일평균 잔액을 기준으로 금융재산의 잔액을 평가하도록 함.

3) 근로장려금 지급액 산정시 부동산 임대소득 제외(제100조의6제2항제5호 신설)

근로장려금 지급액 산정 기준인 총급여액의 범위에서 부동산 임대소득을 제외함.

4) 근로ㆍ자녀장려금 압류금지 기준금액 상향(제100조의9제6항)

근로장려금과 자녀장려금의 압류금지 기준금액을 150만원에서 185만원으로 상향조정함.

5) 반기 근로장려금 환수 방법 합리화(제100조의9제7항)

근로장려금 신청자가 반기 근로장려금 정산을 통해 발생한 환수 금액에 대한 납부고지를 요청한 경우 납세지 관할 세무서장은 즉시 환수 금액을 납부고지하도록 함.

6) 근로ㆍ자녀장려금 요청자료 변경(제100조의14제2항제3호)

국세청장이 근로장려금 신청자격 확인 등을 위하여 요청할 수 있는 자료를 「장애인복지법」에 따른 장애인등록자료에서 「장애인고용촉진 및 직업재활법」에 따른 중증장애인 확인자료로 변경함.

자. 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례의 기업소득 비중 조정 등(제100조의32제5항 및 제8항)

투자ㆍ임금증가ㆍ상생협력으로 환류하지 아니한 소득에 대해 추가 과세하는 기준이 되는 과세대상 소득 대비 환류기준율을 사업용 자산에 대한 투자를 포함하는 경우 100분의 65에서 100분의 70으로 상향조정하고, 임금증가의 대상이 되는 상시근로자의 기준을 총급여 7천만원 미만에서 8천만원 미만으로 확대함.

차. 그 밖의 조세특례

1) 전자신고 세액공제 대상 확대(제104조의5제1항)

전자신고 세액공제 대상에 양도소득세가 추가됨에 따라 양도소득세를 전자신고 하는 경우에 예정신고 1건당 2만원을 세액공제하도록 함.

2) 전자고지 신청시 세액공제 금액(제104조의5제7항 신설)

전자고지 신청에 대한 세액공제의 도입에 따라 납세자가 전자고지를 신청한 경우에 납부고지서 1건당 1천원을 세액공제하도록 함.

3) 해외진출기업의 국내 복귀에 대한 세액감면 감면대상소득 및 추징사유 구체화(제104조의21제3항, 제5항 및 제6항, 제104조의21 제9항 신설)

해외진출기업이 국내 창업 및 사업장 신설 또는 증설의 방식으로 복귀하는 경우의 세액감면 요건과 대상 소득의 계산 방법을 정하고, 국내사업 개시 후 해외사업장을 신설 또는 증설한 경우를 추징사유에 추가함.

4) 프로젝트금융투자회사 소득공제 세부요건(제104조의28 신설)

프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제 특례 적용대상, 법인 요건, 배당가능이익의 범위 등 세부요건을 정함.

5) 부가가치세가 면제되는 국민주택의 정의 명확화(제106조제4항제1호)

부가가치세가 면제되는 국민주택을 「주택법」에 따른 주택으로서 국민주택규모 이하인 것으로 명확히 규정함.

6) 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체 추가(제106조제7항제58호 및 제59호 신설)

부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체에 한국수산자원공단 및 한국어촌어항공단을 추가함.

7) 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 대상 정비(제110조제1항)

간이과세제도 개편으로 간이과세자도 세금계산서를 발급할 수 있게 됨에 따라, 종전에 재활용폐자원 및 중고차 사업자가 모든 간이과세자로부터 재활용폐자원 등을 구입하는 경우 의제매입세액 공제를 받을 수 있던 것을 앞으로는 세금계산서를 발급할 수 없고 영수증을 발급하여야 하는 간이과세자로부터 구입하는 경우에만 의제매입세액 공제를 받을 수 있도록 변경함.

8) 연안화물선용 경유에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 감면 절차(제112조의7 신설)

연안화물선용 경유에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 감면 제도 신설에 따라, 납세의무자가 한국해운조합에 경유를 공급한 경우에는 공급한 다음 달 10일까지 환급 등의 신청서를 제출하도록 하는 등 환급ㆍ공제 절차 및 용도 외 사용 시 추징 절차 등을 정함.

9) 외국인 관광객이 구매한 주류에 대하여 주세를 면제하는 소규모 주류 제조장의 범위 신설(제113조의2 신설)

외국인 관광객이 방문하여 주류를 구매할 경우 주세가 면제되는 소규모 주류 제조장을 「주류 면허 등에 관한 법률 시행령」에 따른 소규모 주류 제조자가 운영하는 곳으로 정함.

10) 시장조성자 주식양도에 대한 증권거래세 면제 제한(제115조제3항 및 제5항 신설)

시장조성자가 양도하는 파생상품과 주식에 대한 증권거래세 면제 범위를 시장조성을 하려는 과세연도 직전 연도의 9월 30일부터 이전 1년간의 거래대금, 시가총액 및 회전율 등을 고려하여 정함.

11) 제주투자진흥지구 입주기업에 대한 법인세 등의 감면 대상 업종 조정(제116조의15제1항)

제주투자진흥지구의 활성화 지원을 위하여 제주투자진흥지구 입주기업에 대한 법인세 등 감면 대상 업종으로 마리나업을 추가하고, 카지노업 및 휴양 콘도미니엄업 등은 그 대상에서 제외함.

12) 수도권과밀억제권역 안의 투자에 대한 세액공제 적용 범위 개편(제124조제3항)

디지털방송을 위한 프로그램의 제작ㆍ편집ㆍ송신에 사용되는 장비 및 교환설비ㆍ전송설비 등의 전기통신설비 등에 대해서는 수도권과밀억제권역안의 투자에 대해서도 세액공제가 적용되도록 함.

13) 조세지출예산서 작성 세부항목 추가(제135조의3제2항제4호 신설)

연간 조세특례금액이 300억 원 이상인 조세특례를 신규로 도입하면서 조세특례에 대한 평가를 실시하지 않은 경우에는 해당 조세특례의 내용과 면제 사유를 조세지출예산서에 포함하여 작성하도록 함.

14) 세액공제 적용 후 사업용자산 처분에 따른 사후관리 범위 조정(제137조제3항)

통합투자세액공제를 적용받은 후 5년 이내에 해당 사업용자산을 처분할 경우 감면세액이 추징되는 건물과 구축물의 범위를 근로자복지증진 시설 등 기획재정부령으로 정하도록 함.

<법제처 제공>