지방세 가산세액 부과 처분 취소 요구

주문

1. 피신청인에게, 지방세 감면을 신청하는 납세자의 편의 등을 고려하여 제공하는 점검표(체크리스트)에 「지방세특례제한법」등에 따른 세금 감면 기준 및 유의사항 등을 명확히 표시하여 운영할 것을 의견표명한다.

2. 신청인의 나머지 신청을 기각한다.

이유

1. 신청취지신청인은 사옥 이전을 위해 2013. 2. D산업단지인 B도 C시 E구 (주소 1 생략) 2,717㎡ 공장용지(이하 '이 민원 토지’라 한다)를 분양받아 사옥(이하 '이 민원 건축물’이라 한다)을 건축하여 2017. 2. 9. 준공하였고, 그 과정에서 이 민원 토지 및 이 민원 건축물에 대한 취득세 감면 및 재산세 50% 감면을 받았다.이후 이 민원 건축물의 효율적인 활용을 위해 2017. 4. 피신청인에게 이 민원 건축물 4층 및 5층에 대해 (주)○○○에게 임대하면서 「산업집적활성화 및 공장 설립에 관한 법률」 제38조에 따라 피신청인에게 '산업단지 입주계약 신청서(확인서)’를 제출하여 확인(승인)처리되어 이 민원 토지 및 이 민원 건축물의 사용에 아무런 문제가 없는 것으로 알고 있었다.그러나, 피신청인은 2020. 10. 19. 지방세 세무조사 결과 통지를 통해 신청인이 건물을 직접 사용하지 않고 중견기업(각주:중견기업 : 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」에 따른 중소기업 및 공공기관 공기업 등을 제외한 시행령 기준에 적합한 기업중소기업 : 「중소기업기본법」에 따른 업종별 매출액 또는 자산기준에 해당하는 기업)에게 이 민원 건축물 일부를 임대하였다는 이유로 이 민원 토지 및 이 민원 건축물에 대한 추징 세액 272,213,570원을 부과(이하, '이 민원 부과’라 한다)하였고, 신청인은 같은 해 11. 6. 충당금 총 32,502,560원을 제외한 241,444,120원(토지분 105,238,040원, 건물분 136,206,080원)을 납부하게 되었다.신청인은 피신청인에게 임대신고 등의 절차를 통해 이 민원 건축물 일부 임대를 진행하였고, 지방세 감면신청시 피신청인이 제공한 점검표(체크리스트)에서도 입주기업의 중소기업여부에 대한 확인 항목이 없으며, 입주 후 수년이 지난 후 가산세를 추징하는 것은 부당하니 그간의 과정을 고려하여 이 민원 부과를 취소해 달라.2. 피신청인(B도 C시장) 주장취득세는 「지방세법」 제18조 및 제20조에 따라 납세의무자가 스스로 조세채무의 성립요건 충족을 확인하고 자신의 책임하에 과세표준액과 관계법령이 규정한 세율을 적용하여 산출하나 세액을 신고납부 하여야 하는 것이다.신청인의 취득세 신고서 및 사용계획서에서도 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 및 제5항 규정에 따라 취득 및 의무 사용하는 것으로 감면 신청하여 취득세 감면처리가 되었던 것이며, 피신청인이 신청인에게 제공하였던 체크리스트는 납세자가 관계법에 맞는 적정신고를 할 수 있도록 도우는 행정서비스의 일환으로 제공하는 부수행위일 뿐 이 민원 부과의 주된 쟁점이 되는 감면 규정은 「지방세특례제한법」 제78조 제4항에서 정하고 있어 체크리스트에 입주기업의 중소기업여부에 대한 확인항목 안내가 없더라도 업무과실에 해당하지 않는다.또한, 신청인의 이 민원 토지 취득일은 2013. 2. 28. 이지만 이 민원 건축물이 2017. 2. 7. 완공되었고, 중견기업에게 임대를 개시한 2017. 2. 28. 추징사유가 발생하여 신고납부기한인 30일이 경과한 다음날인 2017. 3. 31.부터 5년간 부과제척기간이 진행되므로 이 민원 부과는 적법하다.

3. 사실관계가. D산업단지의 주요 개요는 다음과 같다.《D산업단지 개요》○ 명 칭 : D산업단지○ 위 치 : B도 C시 E구 (주소 2 생략) 일원○ 면 적 : 255,064.8㎡○ 사업시행자 : C시 E구 (주소 3 생략)□□ 주식회사○ 관리기관 : C시(C시 E구 주소 4 생략)나. 이 민원의 발생 경위는 다음과 같다.(피신청인 제출자료)《이 민원 발생 경위》○ 2013.02.28./2017.02.07 토지 ㆍ 건축물 취득 100% 감면「지방세특례제한법」 제78조(산업단지 등에 대한 감면) 제4항○ 2013.08.22./2017.05.18. 취득세 감면통지 및 의무사항 준수 안내문 발송(2013. 8. 22. 토지분 관련, 2017. 5. 18. 건물분 관련)○ 2017.03.31. 산업단지입주 계약 체결 건의[(주)○○○-C시]○ 2017.04.03. 산업단지입주 계약 처리 알림[(주)○○○-C시]○ 2017.06.28. 임대신고서 접수[A-C시]○ 2017.06.28. 산업단지 임대신고 처리 알림 [A-C시, 임대면적13.24%로 30%이내]※관리기본계획의 입주대상업종 및 입주기업체의 자격에 적합○ 2020.07.29. 지방세 세무조사 과세예고(C시 세정과 세무조사팀)○ 2020.10.16. 지방세 과세전적부심사 결과통보(B도 세정과)○ 2020.10.19. 지방세 세무조사 결과통보(C시 세정과 세무조사팀)※추징사유 : 중견기업 임대다. 신청인은 2017. 2. 9. 피신청인에게 취득세 신고서와 지방세감면신청서를 제출한 것으로 확인되며, 취득세신고서, 지방세 감면신청서, 사용계획서 등의 주요 내용은 다음과 같다.《취득세 신고서 중 주요 내용》○ 취득자 : A○ 취득물건 : 건물((주소 1 생략) 공장, 신축, 취득가액 12,212,269,388원)○ 취득세 등 신고세액 합계 : 68,388,700- 취득세 : 과세표준액 12,212,269,388, 산출세액 341,943,540, 감면세액 341.943.540- 농어촌특별세 : 과세표준액 341,943,540, 산출세액 68,388,700《지방세감면신청서 중 주요 내용》○ 신청인 : A○ 감면받으려는 세액 : 341,943,540원○ 감면신청 사유 : 산업단지내 산업용 건축물 신축 취득(「지방세특례제한법」 제78조 및 부칙 제25조)《사용계획서 중 주요 내용》○ 취득자 : A○ C시 E구 (주소 1 생략)의 토지 및 건물은 주차장, 공장, 창고, 사무실 등의 용도로 사용○ 확인사항 : 정당한 사유없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지 관리기관 또는 산업기술단지관리 기관이 환매하는 경우는 제외한다) 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 감면된 취득세(가산세포함) 추징에 대해 이의가 없음을 확인함라. 신청인은 이 민원 토지를 취득하여 이 민원 건축물을 준공하고, 임대신고 등의 과정에서 피신청인에게 모든 내용을 확인받아 진행하였다고 하며, 지방세 감면신청 당시 피신청인은 아래의 체크리스트를 신청인에게 제공하여 이를 바탕으로 관련업무를 진행하였음을 호소하였고, 주요 내용은 다음과 같다.

마. 신청인은 이 민원 건축물의 4~5층을 (주)○○○에 임대하기 위하여 피신청인으로부터 승인을 받았다고 하며 피신청인은 (주)○○○ 및 신청인에게 다음과 같이 통보한 것으로 확인된다.《산업단지입주 계약 처리 알림(기업지원과-4528, 2017. 4. 3.)(C시⇒(주)○○○)》『D산업단지』입주 계약 신청 건에 대하여 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제38조제1항부터 제3항까지, 제38조의2제1항 및 같은 법 시행규칙 제34조ㆍ제35조에 따라 아래와 같이 산업단지입주 계약이 처리○ 산업단지입주 계약내역《산업단지(산업시설) 임대신고 처리 알림(A)(기업지원과-8717, 2017. 6. 28.) (C시⇒신청인A)》「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제48조의3 제4항 및 같은 법 시행규칙 제36조의 2 규정에 따라 『D산업단지』(산업시설)의 임대신고 건에 대하여 임대신고 처리 및 공장등록사항 변경○ 산업시설 임대신고 처리내역※건축연면적 대비 총임대면적 비율: 1,538.38/11,615.32=13.24%(건축연면적 30% 이내로 임대 가능)바. 신청인은 지방세 제척기간 5년이 지났음에도 취득세 면제를 취소하고 추징하는 것은 위법하다고 주장하고 있으나, 피신청인은 감면된 토지에 대한'산업용 건축물 등의 용도에의 직접 사용’여부는 지상에 건축된 건축물의 사용용도에 따라 판단하게 되는데 취득한 토지를 당해 업종의 용도에 직접 사용한다고 하려면 토지에 건축물을 건축하였다는 것만으로는 부족하고, 취득 이후에도 당해 업종의 영업을 개시하여 사업을 지속적으로 영위하여야 할 것(대법원 2013.3.14. 선고 2012두25200 판결)인데, 건축물 완공일인 2017.2.7.부터 2년 미만인 상태에게 다른 용도(중견기업에게 2017.2.28. 임대)로 사용하여 감면된 취득세를 추징하게 된 것으로, 「지방세기본법」제38조제4항 및 같은 법 시행령 제19조 제2항 제3호에 따라 비과세 또는 감면받은 세액 등에 추징사유가 발생하여 추징하는 경우 추징사유 발생일부터 30일인 법정기한 내에 부족세액 등을 신고ㆍ납부하여야 하는바, 신청인의 이 민원 토지 취득일은 2013. 2. 28.이지만 건축물이 2017. 2. 7. 완공되었고 중견기업에게 임대를 개시한 2017. 2. 28.에 추징사유가 발생하여 신고납부기한인 30일이 경과한 다음날인 2017. 3. 31.부터 5년간 부과제척기간이 진행되므로 과세는 적법하다고 주장하고 있다.

사. 우리 위원회의 2022. 1. 12. 실지방문조사에서 신청인은 피신청인이 안내하는 절차를 성실히 이행하여 이 민원 토지를 취득하고 이 민원 건축물을 건축하여 이용하였던 것뿐이고, 만약 신청인이 이 민원 건축물의 일부 층을 임대하는 과정에서 취득세 감면에 대한 문제가 발생될 소지가 있었다면 이에 대하여 피신청인이 취득세 감면 등과 관련해서 충분히 안내를 하였어야 하나, 이에 대한 어떠한 안내도 없이 사용하도록 방치하다가 뒤늦게 행정처분을 하는 것은 부당하다고 호소하였다.이에 대하여 피신청인은 체크리스트 등은 행정서비스 차원에서 제공하였던 사항으로 법령에서 정하고 있는 구체적인 감면 기준 등에 대한 확인은 신청인이 하였어야 하는 사항이고, 신청인이 이 민원 건축물의 일부에 대하여 임대한 것에 대한 절차상 문제는 없다고 주장하였다.

아. 피신청인이 추가로 제출한 자료에 따르면 2014. 7. 28. 14:00 ~ 15:30에 신청인 등 14개 기업이 참여하는 D산업단지 입주기업협의회 취득세 설명회가 있었다고 하며, 관련 결과보고 문서를 우리 위원회에 제출하였으며 주요 내용은 다음과 같다.《입주기업협의회 취득세 설명회 개최결과보고(기업지원과-10012, 2014. 8. 7. ) 주요내용》○ 설명회 개요- 일시 : 2014. 7. 28.(월) 14:00~15:30- 장소 : C시청 3층 상설교육장- 참석자 : 참석대상 28개 기업 중 14개 기업 담당자 참석(태OOO, 뉴OO, 네OOO, ROOOO, 굿O, A(신청인), 뷰OO, COO, 네OO, 미OOOOO, 휴OO, LOOOOO, 욱OOO, 네OOO)기업지원과장, 세정과 세정팀장, 동안 세무과 조세팀장 등○ 설명회 주요 내용- 산업시설용지 내 일부 임대 관련 설명과 자료 배포- 산업시설용지, 공장건축물에 대한 지방세 감면 및 중과세 설명과 자료 배포- 기타 질의사항에 대한 답변- 설명회시 배포자료는 전체 입주기업 담당자에게 이메일 송부(2014. 7. 29)○ 감면기준 관련 주요 안내사항- 건축물을 신축하여 임대하는 경우에도 감면 대상인지?답변) 산업용 건축물 등을 신축하고자 하는 자가 부동산을 취득하여 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하고, 제3자에게 임대할 목적이 있는 경우 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제2호 가목에서 규정하는 공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하는 경우라면 감면대상이 됨.○ 설명회 참석자 명부 중 신청인 소속직원 참석 현황 (참석자 서명부 중)자. 한편, 피신청인이 운영하고 있는 체크리스트의 개선 필요성에 대한 피신청인 의견조회 결과는 다음과 같다.

4. 판단가. 관계 법령별지와 같다.

나. 관련 판례 및 조세심판례별지와 같다.

다. 판단 내용1) 이 민원 부과의 적정성에 대하여 살펴보면,신청인은 피신청인으로부터 이 민원 건축물의 입주자격에 대하여 승인을 받아 입주하였고, 그 과정에서 지방세 감면 조건의 저촉여부에 대하여 어떠한 안내도 받지 못하였으며, 지방세 제척기간이 지났음으로 이 민원 부과는 위법하다고 주장하나,① 취득세는 「지방세법」 제18조 및 제20조 규정에 따라 납세의무자가 스스로 조세 채무의 성립요건 충족을 확인하고 자신의 책임하에 과세표준액과 관계법령이 규정한 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고 납부하여야 하는 신고납부방식에 의한 조세인 점,② 「지방세기본법」 제38조 제4항 및 같은 법 시행령 제19조 제2항 제3호에 따라 비과세 또는 감면받은 세액 등에 추징사유가 발생하여 추징하려는 경우, 추징사유 발생일부터 30일 내에 부족세액 등을 신고ㆍ납부하여야 하므로, 신청인의 이 민원 토지 취득일은 2013. 2. 28. 이나 건축물이 2017. 2. 7. 완공되어 중소기업이 아닌 중견기업에게 임대를 개시한 2017. 2. 28.에 추징사유가 발생하였으므로, 신고납부기한인 30일이 경과한 다음날인 2017. 3. 31.부터 5년간 부과제척기간이 적용되어야 하는 점,③ 신청인이 피신청인에게 제출한 취득세 신고서 및 사용계획서에서는 「지방세특례제한법」제78조(산업단지등에 대한 감면) 제4항 및 제5항의 규정에 따라 취득 후 의무사용을 조건으로 취득세 감면을 신청하였던 점,④ 「지방세특례제한법」제78조에 따르면 산업용건축물 등을 신축하기 위해 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득하거나 취득하여 중소기업에게 임대하는 경우 취득세를 면제하도록 정하고 있으나, 신청인은 중소기업이 아닌 중견기업에게 임대하여 해당 조건을 준수하지 못한 점,⑤ 신청인은 피신청인에게 이 민원 건축물중 일부를 (주)○○○에게 임대하는 것으로 신고하여 처리한 것은 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제48조의3 제4항 등에 따라 처리한 것으로, 이 과정에서 피신청인이 취득세 감면 조건 저촉 여부를 의무적으로 검토하였어야 한다고 보기 어렵고, 이를 사유로 납세자로서의 의무사항이 면책된다고 보기는 어려운 점,⑥ 피신청인은 신청인이 참석한 설명회 등을 통하여 관련 기준에 대한 안내를 하였고, 당시 신청인 소속 직원의 참석 서명부 등이 확인되는 등 피신청인이 신청인에 대한 사전 안내가 부족하였다고 보기는 어려운 점 등을 종합해 볼 때,피신청인에게 신청인에게 부과한 가산세 추징을 취소하도록 요구하기는 어렵다고 판단된다. 다만 불필요한 민원 유발을 예방하기 위하여 피신청인이 운영하고 있는 체크리스트의 개선이 다음과 같이 필요하다고 판단된다.2) 피신청인이 운영중인 체크리스트와 관련하여피신청인은 납세자가 관계법에 맞는 적정신고를 할 수 있도록 돕기 위한 행정서비스의 일환으로 제공하고 있다고 하나,① 피신청인이 지방세 감면을 신청하는 자에게 관련 체크리스트를 제공하는 것을 의무화하고 있지는 않으나, 피신청인 및 납세자의 편의 등을 고려하여 자율적으로 체크리스트를 운영하고 있는 것으로 보이는 점,② 일반적으로 체크리스트가 제공되는 경우 관련 절차상 중요한 사항에 대한 점검을 위한 용도로 활용되고, 체크리스트 이외의 다른 사항에 대하여는 소홀히 할 우려가 있어 보이는 점,③ 체크리스트의 제공 취지 등을 고려할 때, 지방세 감면 신청시 필요한 준비서류, 감면조건뿐만 아니라 관련 유의사항 등을 명확히 안내하면 보다 효율적으로 체크리스트를 활용할 수 있을 것으로 보이는 점,④ 체크리스트 내의 정보 부족으로 불필요한 민원을 유발할 수도 있을 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 피신청인이 납세자의 편의 등을 고려하여 운영중인 체크리스트에 민원발생 예방을 위하여 「지방세특례제한법」 등에 따른 세금 감면 기준 등을 명확히 표시하여 운영할 필요가 있다고 판단된다.

5. 결론그러므로 피신청인이 운영하고 있는 체크리스트와 관련하여 개선의 필요성이 인정되므로 「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」 제46조 제2항에 따라 피신청인에게 의견을 표명하고 나머지 신청은 기각하기로 하여 주문과 같이 의결한다.

별지

별지 1. 관계 법령□ 「지방세기본법」 제38조(부과의 제척기간)

① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다.(중간 생략)

3. 그 밖의 경우에는 5년

④ 제1항 각 호에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.□ 「지방세기본법 시행령」 제19조(부과 제척기간의 기산일)

① 법 제38조 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호에 해당하는 날로 한다. (중간 생략)

3. 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 비과세 또는 감면받은 세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날□ 「지방세특례제한법」 제78조(산업단지 등에 대한 감면)

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. (2015. 12. 29 개정)

1. 대상 지역가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.(2016.12.27. 개정)가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자(공장용 건축물을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다〕가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. (2014. 1. 1. 개정)다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.(2014.12.31 개정)다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑦ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다. (2016. 12. 27 개정)□ 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 제48조의3(임대사업자의 입주계약 등)

④ 입주기업체 또는 지원기관이 입주계약에 따른 사업을 하면서 해당 산업용지 및 공장등의 일부를 임대하려는 경우에는 산업통상자원부령으로 정하는 서류를 관리기관에 제출하여야 한다.별지 2. 관련 판례 및 조세심판례□ 대법2021두25200, 2013. 3. 14. 판결 (항소 기각: 과세기관 승소)입주자가 부동산을 취득하여 이를 타인에게 임대하는 경우에는 설령 그 타인이 임차하여 유치대상업종을 영위한다 하더라도 입주자는 임대사업을 하는 것이 되어(임차인의 영업을 입주자의 영업과 동일시 할 수 있는 등의 특별한 사정이 없는 한 입주자는 임대업을 영위하거나 임대로 인한 이익을 누리는 것에 불과하고, 간접적으로도 유치대상업종을 영위하는 지위에 있다고 볼 수 없다), 이 사건 조례 제28조 단서 소정의 “다른 용도로 사용하는 경우”에 해당□ 수원지법 2019구합61275 2019. 8. 29. 판결 (기각, 과세기관 승소)산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 부동산을 취득하더라도 스스로 이를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 임대하는 경우에는 '공장용 건축물을 건축하여 중소기업자에게 임대’하는 경우가 아닌 한 취득세의 추징사유인 '직접 사용하지 아니하는 경우’ 또는 '다른 용도로 사용하는 경우’에 해당□ 조심2017지0226 2017. 3. 30. 결정 (기각, 과세기관 승소)과세관청의 취득세 납부에 대한 안내 등은 일종의 행정서비스로서 이러한 안내를 하지 않은 것을 과세관청의 귀책으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기 어려움