결정요지
택지사용계획서상 전용면적 25평으로 허가신청하였음에도 40평 이상의 대형공동주택에 대한 건축허가제한조치를 장애사유로 주장하거나 인근주택 소유자들과의 공동주택사업 추진이 협의되지 않았다 하여 직접사용할 수 없었던 정당한 사유를 인정할 수는 없으나, 대도시내 설립법인이 5년 이내 취득한 부동산에 해당하여 중과세요건이 충족되었더라도 이를 자진신고납부할 의무규정이 존재하지 않는 바, 가산세를 제외하여 중과세한 당초 등록세 등을 경정처분하는 것이 타당하다.
주문
처분청이 1994. 11. 14. 청구인에 대하여 부과처분한 등록세 등 41,748,000원 중 등록세 29,400,000원, 교육세 5,880,000원에 대한 각 가산세합계 6,468,000원 부분은 취소하여야 한다.
나머지 청구는 기각한다.
이유
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 1991. 6. 24. 서울특별시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 338-161 외 2필지 대지 230㎡, 임야 935㎡(이하 "이 건 토지"라 한다)를 주택건설용으로 취득등기한 후 3년이 경과하도록 주택건설사업에 직접 사용하지 아니한 데 대하여 지방세법 제138조 제1항 제3호 에 규정된 법인의 대도시 내에서의 부동산 등기로 보아 같은 법 제138조 제1항 본문의 중과세율을 적용하여 이미 자진신고 납부한 세액을 차감한 등록세 35,280,000원 및 교육세 6,468,000원 계 41,748,000원 (가산세 포함)을 1994. 11. 14. 각각 납부고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 1994. 11. 14. 처분청이 부과고지한 등록세 등 합계 41,748,000원의 부과처분을 취소할 것을 청구한다.
그 이유로서 1991. 6. 19. 청구인은 이 건 토지를 주택건설용으로 취득하였으나, 같은 해 7. 15. 서울특별시 공고 제210호에 의거 세대별 전용면적 40평 이상의 공동주택건축허가제한(제한기간 : 1991. 7. 15. ～ 1992. 6. 30.)으로 사업진행에 차질이 생겼고, 이 건 토지 전면에 위치한 청구 외 ㅇㅇ연립주택 소유자들과 공동으로 주택사업을 추진하고자 수차례 협의를 하였으나 일부 주민의 반대로 합의가 이루어지지 아니하여 사업추진이 늦어지게 되었고, 1994. 2. 15. 공동주택사업을 추진하기 위하여 토지형질변경행위허가 신청을 하였으나 같은 해 3. 25. ㅇㅇㅇ구 도시계획위원회에서 부결되어 주택건설에 착공하지 못하였는바, 이는 지방세법시행령 제101조 제2항에 규정된 정당한 사유에 해당됨에도 처분청이 이 건 토지를 주택건설사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 중과세율을 적용하여 등록세 등을 부과한 것은 부당하다고 주장한다.
3. 당원의 판단
이 건 심사청구의 쟁점은 청구인이 이 건 토지를 취득한 후 주택건설에 착공할 수 없었던 「정당한 사유」가 있었는지의 여부에 있다.
먼저 청구인이 이 건 토지를 취득한 경위와 처분청의 등록세 등 부과 경위를 보면, 청구인은 1991. 6. 19. 연립주택신축목적으로 이 건 토지를 청구 외 ㅇㅇㅇ으로부터 취득(취득금액 245,000,000원)하고, 같은 해 6. 24. 소유권취득등기를 마친 후 1994. 2. 15. 공동주택사업을 추진하기 위해 토지형질변경행위허가 신청을 하였으나 신청토지가 고지대 및 급경사지로서 아파트를 건립할 경우 공사로 인한 재해위험, ㅇㅇ근린공원경관 침해 및 인근주민의 사생활 침해 등의 이유로 ㅇㅇㅇ구도시계획위원회에서 부결되어 위 신청서가 같은 해 4. 1. 반려되었으며, 처분청에서는 청구인이 이 건 토지를 취득등기한 후 3년이 지나도록 주택건설에 착공하지도 아니하고 있는 데 대하여 중과세율을 적용하여 1994. 11. 14. 등록세 등을 부과한 사실이 관계자료에 의하여 인정된다.
살피건대, 지방세법 제138조 제1항 및 제3항에서 대도시에서의 법인의 부동산 등기에 대하여는 같은 법 제131조에 규정된 세율의 5배를 적용하여 중과세하되 주택건설사업을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산에 대하여는 같은 법 시행령 제101조 제2항에서 그 등기일로부터 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한하여 일반세율을 적용하며 그 등기일로부터 3년이 지나도록 주택건설에 착공하지 아니할 경우에는 정당한 사유가 없는 한 등록세를 중과하여야 하도록 규정되어 있는바, 이때의 「정당한 사유」라 함은 관계법령에 따른 사용금지나 제한이 있거나 법인이 마음대로 할 수 없는 외부의 사정이 있는 경우에 한정된다 할 것이다.
청구인은 1991. 6. 24. 이 건 토지를 취득등기한 후 같은 해 7. 15.부터 1992. 6. 30. 까지 사이에 건축허가가 제한되었으며, 청구 외 인근주택 소유자들과 공동으로 주택사업을 추진하고자 수차례 협의를 하였으나 일부주민의 반대로 합의가 이루어지지 아니하였고, 1994. 2. 15. 공동주택사업을 추진하기 위하여 이 건 토지형질변경행위 허가신청하였으나 재해위험, 근린공원경관침해 및 인근주민의 사생활 침해 등의 사유로 신청서가 반려되는 등 이 건 토지등기일로부터 3년 이내에 주택건설공사에 착공하지 못한데에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 건축허가제한조치는 세대별 전용면적 40평 이상의 대형공동주택이고 청구인이 1991. 3. 25. 택지취득허가신청 및 토지 등 거래계약신고시 제출한 택지사용계획서상 건축계획규모는 전용면적 25평(1동 16세대)으로서 건축허가 제한대상이 아니고, 인근주택소유자와의 공동주택사업 추진은 청구인 내부의 사정일 뿐 아니라, 당초 연립주택을 신축하여 분양하는 계획을 수립하고도 이 건 토지 등기일로부터 2년 7월이 경과한 1994. 2. 15. 토지형질변경행위허가 신청시에는 아파트 1동 16세대(지하 2층 지상 8층, 건축연면적 1,997.71㎡)의 고층건물 신축계획을 추진한 결과 토지형질변경행위 허가가 반려된 것이므로 청구인이 주택건설공사를 착공하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 인정할 만한 근거가 없으므로 청구인의 주장을 받아들일 수 없다.
그러나 이 건 토지등기에 대한 등록세 등을 중과세하면서 등록세 차액 29,400,000원 및 교육세 차액 5,880,000원에 100분의 20및 100분의 10을 적용한 가산세 5,880,000원 및 588,000원 계 6,468,000원을 부과하였는바, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하고 세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 납세의무자가 그 의무를 이행하지 아니하는 경우에 징수하는 행정상의 제재이므로 중과세된 등록세의 가산세를 부과하기 위하여는 납세의무자에게 자진신고 납부를 규정한 세법상의 근거가 있어야 할 것인데 등록세 납세의무자가 법 제130조, 제2항의 규정에 의한 신고를 하지 아니하거나 법 제130조 내지 제149조의 규정에 의한 산출세액에 미달한 때에는 법 제130조의 규정에 의한 과세표준에 법 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수한다고만 규정하고 있을뿐 부동산 취득등기 이후에 등록세 중과세 요건이 충족되어 중과세되는 경우 그 등록세를 자진신고 납부하도록 한 규정이 없어 청구인이 이 건 토지를 3년이 지나도록 주택건설에 착공하지 아니하여 등록세 중과세요건이 충족되었다 하더라도 이를 처분청에 자진신고 납부할 의무는 없다 할 것이므로 처분청에서 등록세를 중과세하면서 가산세를 부과한 처분은 잘못이며 나아가 교육세법 제3조 제4호, 제9조 제2항 및 제11조에서 지방세법의 규정에 의한 등록세의 납부의무자는 교육세를 납부할 의무를 지며 그 납세의무자는 당해 세법의 규정에 의하여 당해 세액을 신고·납부하는 때에는 그에 대한 교육세를 신고·납부하여야 하고 교육세를 납부하여야 할 자가 이를 그 기한 내에 납부하지 아니하거나 미달되게 납부한 때에는 그 미납부 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 가산하여 징수한다고만 규정하고 있으므로 위 중과세된 등록세를 처분청에 자진신고 납부할 의무가 없는 자에 대하여 등록세중과세시에 병과하는 교육세에 대하여 가산세를 부과한 처분 또한 잘못이라 할 것이다.
4. 결론
그렇다면 이 건 토지에 대하여 취득등기한 후 3년이 지나도록 주택건설에 착공하지 아니하여 중과세율을 적용하여 등록세, 교육세를 부과한 처분은 정당하나 그 중 위 처분에 따라 등록세 및 교육세에 대하여 가산세를 부과한 것은 잘못이어서 이 건 심사청구는 일부 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<!-- 1. 처분개요
가. 처분청은 종합부동산세 과세기준일(2018.6.1.) 현재 청구법인이 보유하고 있는 과세대상물건(주택 71건, 종합합산과세대상 토지 729건 및 별도합산과세대상 토지 221건)에 대하여 「종합부동산세법 시행령」제4조의2 제1항 및 제5조의3 제1항․제2항(이하 "쟁점규정"이라 한다)에 따라 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 2018.11.21. 청구법인에게 2018년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 결정․고지하였다. -->