「공정거래법」의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는「자본시장법」상의 사모투자전문회사에 대해「조세특례제한법」 제120조 제6항 제8호가 적용되는지 여부

결정요지

「공정거래법」상의 지주회사에 대하여는 이 사건 법률조항 외에, 주식의 현물출자 등에 의한 설립이나 전환에 대한 과세특례(「조세특례제한법」제38조의2), 수입배당금액의 익금불산입제도(「법인세법」제18조의2) 등이 마련되어 있는 반면, 「자본시장법」상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 그와 별도로 지급배당금의 소득공제제도(「법인세법」제51조의2 제1항 제2호)나 등록세 중과배제제도(「조세특례제한법」제119조 제7항) 등이 규정되어 있는 등 세법상의 규율에도 차이가 있고,위와 같은 관련 규정의 문언 내용과 입법 취지 및 체계, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사와 지주회사의 설립목적 및 기능상의 차이, 그리고 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 「조세특례제한법」이 이 사건 법률조항(당시에는 제120조 제5항 제8호)을 신설할 당시에는 법률상 사모투자전문회사나 투자목적회사에 관한 규정이 아직 없었던 점 등을 종합하면, 「공정거래법」의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 「자본시장법」상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항도 적용되지 않는다고 봄이 타당함

주문

심사청구를 기각한다.

이유

1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 2010. 2. 4. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(2010. 5. 17. 법률 제10303호로 개정되기 전의 것, 이하 "「자본시장법」"이라 한다) 제9조 제18항 제7호에 따라 설립된 사모투자전문회사로서 회사의 재산을 주식 또는 지분 등에 투자하여 경영권 참여, 구조조정, 재무구조 개선 등의 방법으로 투자한 기업의 가치를 높여 그 수익을 사원에게 배분하는 것을 목적으로 설립된 회사이다.

나. 청구인은 2010. 3. 12. ○○○○○○주식회사(이하 "○○○○○○○○"이라 한다)의 주식 96,000,000주(이하 "이 사건 주식"이라 한다)를 취득하여 ○○○○○○○○ 발행주식 총수인 146,253,006주의 65.64%를 보유하게 됨으로써 ○○○○○○○○의 과점주주가 되었고, 한편 2010. 3. 31. 기준으로 청구인의 자산총액은 490,295,975,758원이고, 그 중 ○○○○○○○○의 주식이 480,000,000,000원으로 자산총액의 97.9%를 차지하였다.

다. 청구인은 이 사건 주식의 취득과 관련하여 구 「지방세법」(2011. 1. 1. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 "「지방세법」"이라 한다) 제105조 제6항의 규정에 따라 청구인이 ○○○○○○○○의 과점주주가 된 때에 해당하는 것으로 보아, ○○○○○○○○ 소유의 과세물건(토지, 건물, 골프회원권, 콘도회원권 등)에 대하여 2010. 4. 12. ⓐⓐⓐ에게 취득세 20,282,400원 및 농어촌특별세 2,028,240원을, ⓑⓑⓑ에게 취득세 39,581,730원 및 농어촌특별세 3,958,170원을, ⓒⓒⓒ에게 취득세 844,920원 및 농어촌특별세 84,490원을, ⓓⓓⓓ에게 취득세 1,961,910원 및 농어촌특별세 196,190원을, ⓔⓔⓔ에게 취득세 1,630,140원 및 농어촌특별세 163,010원을, ⓕⓕⓕ에게 취득세 1,168,030원 및 농어촌특별세 116,800원을, ⓖⓖⓖ에게 취득세 25,433,560원 및 농어촌특별세 2,543,350원을, ⓗⓗⓗ에게 취득세 14,590,620원 및 농어촌특별세 1,459,060원을, ⓘⓘⓘ에게 취득세 1,468,825,140원 및 농어촌특별세 146,882,510원을, ⓙⓙⓙ에게 취득세 1,597,170원 및 농어촌특별세 159,710원을 신고·납부하였고, 처분청들은 이를 수납처리(이하 "이 사건 처분"이라 한다) 하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 건의 청구 취지는 이 사건 처분을 취소하게 해 달라는 것이다.

나. 청구 이유

이 건의 청구이유는 다음과 같다.

청구인은 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 "「공정거래법」"이라 한다)상 지주회사이고 이 사건 주식의 취득은 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우에 해당하므로, 그로 인하여 비록 위 ○○○○○○○○의 과점주주가 되었다 하더라도, 구 「조세특례제한법」(2010. 5. 14. 법률 제10285호로 개정되기 전의 것, 이하 "「조세특례제한법」"이라 한다) 제120조 제6항 제8호(이하 "이 사건 법률조항"이라 한다)에 따라 취득세가 면제되어야 하고, 「자본시장법」제276조 제1항은 사모투자전문회사에 대하여 「공정거래법」을 적용하지 않는다고 규정하고 있으나 이는 「공정거래법」상 규제를 적용하지 않겠다는 취지이지 「공정거래법」상 지주회사에 해당하지 않는다는 의미는 아니고, 이 사건 법률조항은 「공정거래법」에 의한 지주회사가 되면 자회사 주식을 취득하는 경우 과점주주의 취득세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐 다른 요건을 부가하고 있지 않으므로 문리적 해석 및 조세법규의 엄격해석의 원칙에 비추어 「공정거래법」에 의한 지주회사에 해당하는 청구인에 대하여는 위 감면조항이 적용되어야 하는데도, 이를 적용하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 건의 다툼은 「공정거래법」의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 「자본시장법」상의 사모투자전문회사에 대해 「조세특례제한법」 제120조 제6항 제8호가 적용되는지 여부이다.

나. 인정 사실

(1) 청구인은 2010. 2. 4. 「자본시장법」제9조 제18항 제7호에 따라 설립된 사모투자전문회사로서 회사의 재산을 주식 또는 지분 등에 투자하여 경영권 참여, 구조조정, 재무구조 개선 등의 방법으로 투자한 기업의 가치를 높여 그 수익을 사원에게 배분하는 것을 목적으로 설립된 회사이다.

(2) 청구인은 2010. 3. 12. ◎◎◎◎◎◎주식회사 및 ○○○○○○○○○○○○주식회사로부터 각 회사가 보유하고 있는 ○○○○○○○○의 주식 계 30,000,000주를 양수하였고, 같은 날 ○○○○○○○○으로부터 ○○○○○○○○이 발행하는 신주 66,000,000주를 취득하여, ○○○○○○○○ 발행주식 총수인 146,253,006주의 65.64%인 96,000,000주를 보유하게 됨으로써 ○○○○○○○○의 과점주주가 되었다.

(3) 한편, 청구인은 2010. 3. 31. 기준으로 자산총액은 490,295,975,758원이고, 그 중 ○○○○○○○○의 주식이 480,000,000,000원으로 자산총액의 97.9%를 차지하고 있다.

(4) 청구인은 이 사건 주식의 취득과 관련하여 「지방세법」제105조 제6항의 규정에 따라 청구인이 ○○○○○○○○의 과점주주가 된 때에 해당하는 것으로 보아, ○○○○○○○○ 소유의 과세물건에 대하여 아래와 같이 ⓐⓐⓐ 등 10개 시·군·구청장에게 취득세 등을 신고·납부하였다.

1. 청구인은 2010. 4. 12. ⓐⓐⓐ에게 ○○○○○○○○ 소유의 aaa에 있는 AAA 골프회원권에 대한 취득세 20,282,400원 및 농어촌특별세 2,028,240원 등 계 22,310,640원을 신고·납부하였다.

2. 청구인은 2010. 4. 12. ⓑⓑⓑ에게 bbb에 있는 BBB의 토지, 건물 및 콘도회원권에 대한 취득세 39,581,730원 및 농어촌특별세 3,958,170원 등 계 43,539,900원을 신고·납부하였다.

3. 청구인은 2010. 4. 12. ⓒⓒⓒ에게 ccc에 있는 CCC 콘도회원권에 대한 취득세 844,920원 및 농어촌특별세 84,490원 등 계 929,410원을 신고·납부하였다.

4. 청구인은 2010. 4. 12. ⓓⓓⓓ에게 ddd에 있는 토지 및 건물에 대한 취득세 1,961,910원 및 농어촌특별세 196,190원 등 계 2,158,100원을 신고·납부하였다.

5. 청구인은 2010. 4. 12. ⓔⓔⓔ에게 eee에 있는 EEE 콘도회원권에 대한 취득세 1,630,140원 및 농어촌특별세 163,010원 등 계 1,793,150원을 신고·납부하였다.

6. 청구인은 2010. 4. 12. ⓕⓕⓕ에게 fff에 있는 FFF 콘도회원권에 대한 취득세 1,168,030원 및 농어촌특별세 116,800원 등 계 1,284,830원을 신고·납부하였다.

7. 청구인은 2010. 4. 12. ⓖⓖⓖ에게 ggg에 있는 건물 및 토지에 대한 취득세 25,433,560원 및 농어촌특별세 2,543,350원 등 계 27,976,910원을 신고·납부하였다.

8. 청구인은 2010. 4. 12. ⓗⓗⓗ에게 hhh에 있는 토지와 건물에 대한 취득세 14,590,620원 및 농어촌특별세 1,459,060원 등 계 16,049,680원을 신고·납부하였다.

9. 청구인은 2010. 4. 12. ⓘⓘⓘ에게 iii에 있는 토지와 건물에 대한 취득세 1,468,825,140원 및 농어촌특별세 146,882,510원 등 계 1,615,707,650원을 신고·납부하였다.

10. 청구인은 2010. 4. 12. ⓙⓙⓙ에게 jjj에 있는 JJJ 골프회원권에 대한 취득세 1,597,170원 및 농어촌특별세 159,710원 등 계 1,756,880원을 신고·납부하였다. 취득세 등 신고·납부 내역

다. 관계 법령

이 건과 관계되는 법령은 「지방세법」제105조 제6항 등으로서 [별지] 기재와 같다.

[별지]

□ 구 「지방세법」(2011. 1. 1. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

○ 제22조 (출자자의 제2차납세의무) 법인(주식을「한국증권선물거래소법」제2조 제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 생략

2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자

(이하 생략)

○ 제105조 (납세의무자 등) ①～⑤ 생략

⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.

(이하 생략)

□ 구 「조세특례제한법」(2010. 5. 14. 법률 제10285호로 개정되기 전의 것)

○ 제120조 (취득세의 면제 등) ①～⑤ 생략

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로「지방세법」제22조 제2호에 따른 과점주주(寡占株主)에 해당하게 되는 경우 그 과점주주에 대해서는 같은 법 제105조 제6항을 적용하지 아니한다.

1.～7. 생략

8.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는「금융지주회사법」에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우

(이하 생략)

□ 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」

○ 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. 생략

1의2. "지주회사"라 함은 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액이상인 회사를 말한다. 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다.

(이하 생략)

□ 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」

○ 제2조 (지주회사의 기준) ①「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조(정의) 제1호의2 전단에서 "자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다.

1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할·분할합병·물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일·합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 1천억 원 이상인 회사

2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 1천억 원 이상인 회사

② 법 제2조(정의) 제1호의2 후단에 따른 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)가액의 합계액(제1항 각 호의 자산총액 산정 기준일 현재의 대차대조표상에 표시된 가액을 합계한 금액을 말한다)이 해당 회사 자산총액의 100분의 50이상인 것으로 한다.

(이하 생략)

□ 구 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(2010. 5. 17. 법률 제10303호로 개정되기 전의 것)

○ 제9조 (그 밖의 용어의 정의) ①～1 생략

2 이 법에서 "집합투자기구"란 집합투자를 수행하기 위한 기구로서 다음 각 호의 것을 말한다.

1.～6. 생략

7. 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분증권 등에 투자·운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구(이하 "사모투자전문회사"라 한다)

(이하 생략)

○ 제270조 (사모투자전문회사 재산의 운용 방법) ① 사모투자전문회사(대통령령으로 정하는 방법에 따라 다른 사모투자전문회사와 공동으로 운용하는 경우를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 사모투자전문회사재산을 운용하여야 한다.

1. 다른 회사(투자회사, 투자유한회사, 투자합자회사, 그 밖에 대통령령으로 정하는 회사를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상 되도록 하는 투자

2. 제1호에 불구하고 임원의 임면 등 투자하는 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 하는 투자

3. 증권(지분증권을 제외한다)에 대한 투자(제1호 또는 제2호를 목적으로 하는 경우에 한한다)

4. 투자대상기업(사모투자전문회사 또는 제271조에 의한 투자목적회사가 제1호 또는 제2호의 방법으로 투자한 기업을 말한다. 이하 이 장에서 같다)이 발행한 증권에 대한 투자위험을 회피하기 위한 투자로서 대통령령으로 정하는 장내파생상품 또는 장외파생상품에 대한 투자

5.「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따른 사회기반시설투융자회사가 발행한 증권에 대한 투자

6. 제271조에 따른 투자목적회사(이하 "투자목적회사"라 한다)의 지분증권에 대한 투자

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지의 투자에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 투자

(이하 생략)

○ 제271조 (투자목적회사) ① 투자목적회사는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 회사를 말한다.

1.「상법」에 따른 주식회사 또는 유한회사일 것

2. 제270조 제1항 제1호부터 제5호까지의 투자 또는 제7호의 투자를 목적으로 할 것

3. 그 주주 또는 사원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하되, 가목에 해당하는 주주 또는 사원의 출자비율이 대통령령으로 정하는 비율 이상일 것

가. 사모투자전문회사

나. 투자목적회사가 투자하는 회사의 임원 또는 대주주

다. 그 밖에 투자목적회사의 효율적 운영을 위하여 투자목적회사의 주주 또는 사원이 될 필요가 있는 자로서 대통령령으로 정하는 자

4. 그 주주 또는 사원인 사모투자전문회사의 사원의 수와 사모투자전문회사가 아닌 주주 또는 사원의 수를 합산한 수가 49명 이내일 것

5. 상근임원을 두거나 직원을 고용하지 아니하고, 본점 외에 영업소를 설치하지 아니할 것

(이하 생략)

○ 제276조 (지주회사 규제의 특례) ①「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사에 관한 규정은 사모투자전문회사 또는 투자목적회사가 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다.

② 생략

③ 사모투자전문회사(사모투자전문회사의 무한책임사원 중 상호출자제한기업집단 계열회사 또는 금융지주회사가 아닌 자를 포함한다) 및 투자목적회사에 대하여는 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다. 다만, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사가 대통령령으로 정하는 1개 이상의 금융기관을 지배하는 경우에는 같은 법 제45조부터 제45조의4까지 및 제48조를 준용한다.

(이하 생략)

라. 판단

청구인은 「공정거래법」상 지주회사이고 이 사건 주식의 취득은 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우에 해당하므로, 그로 인하여 비록 위 ○○○○○○○○의 과점주주가 되었다 하더라도, 이 사건 법률조항에 따라 취득세가 면제되어야 하고, 「자본시장법」제276조 제1항은 사모투자전문회사에 대하여 「공정거래법」을 적용하지 않는다고 규정하고 있으나 이는 「공정거래법」상 규제를 적용하지 않겠다는 취지이지 「공정거래법」상 지주회사에 해당하지 않는다는 의미는 아니고, 이 사건 법률조항은 「공정거래법」에 의한 지주회사가 되면 자회사 주식을 취득하는 경우 과점주주의 취득세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐 다른 요건을 부가하고 있지 않으므로 문리적 해석 및 조세법규의 엄격해석의 원칙에 비추어 「공정거래법」에 의한 지주회사에 해당하는 청구인에 대하여는 위 감면조항이 적용되어야 하는데도, 이를 적용하지 않은 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명확히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다.

이 사건 법률조항은 ‘「공정거래법」에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 「금융지주회사법」에 의한 자회사의 주식을 취득함으로써 「지방세법」제22조 제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 해당 과점주주에 대하여는 간주취득세의 부과에 관한 「지방세법」제105조 제6항을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는데, 「공정거래법」제2조 제1호의2, 같은 법 시행령 제2조 제1항, 제2항은 지주회사를 ‘주식(지분을 포함한다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 등 현재의 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사’로 정의하면서, 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는지는 ‘회사가 소유하고 있는 자회사 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인지’를 기준으로 판단하도록 규정하고 있다.

한편, 「자본시장법」제276조 제1항은 ‘「공정거래법」에 따른 지주회사에 관한 규정은 사모투자전문회사 또는 투자목적회사가 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다’고 규정하고 있고, 여기에서 사모투자전문회사란 ‘경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분증권 등에 투자·운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구’를 말하고(제9조 제18항 제7호), 투자목적회사란 ‘그 주주 또는 사원이 사모투자전문회사, 투자목적회사가 투자하는 회사의 임원 또는 대주주 등의 어느 하나에 해당하되, 사모투자전문회사에 해당하는 주주 또는 사원의 출자비율이 대통령령으로 정하는 비율 이상이고 사모투자전문회사 재산의 운용방법과 동일하게 투자하는 주식회사 또는 유한회사’를 말한다(제271조 제1항, 제270조 제1항 제1호 내지 제6호, 제7호).

지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 이 사건 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있다. 그런데 「자본시장법」상의 사모투자전문회사나 투자목적회사는 투자한 회사의 기업가치를 높여 창출한 수익을 투자자에게 배분하는 것을 주된 목적으로 하여 설립된 회사로서, 수직적 출자구조를 통하여 자회사의 사업을 지속적으로 지배함으로써 소유와 경영의 합리화를 도모하려는 목적으로 설립된 「공정거래법」상의 지주회사와는 설립목적이나 기능 등이 전혀 다르다. 이러한 이유로 「자본시장법」상의 사모투자전문회사나 투자목적회사의 경우에는 「공정거래법」제2조 제1호의2 등에서 정한 지주회사의 요건을 형식적으로 갖추었다고 하여 이를 모두 지주회사로 취급하여 「공정거래법」상의 각종 행위제한에 관한 규정을 적용하는 것이 적절하지 아니하므로, 「자본시장법」제276조 제1항은 위에서 본 것과 같이 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 10년간 「공정거래법」의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다.

그리고 「자본시장법」제276조 제3항 본문은 ‘사모투자전문회사 및 투자목적회사에 대하여는 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있고, 그 문언 내용과 이 사건 법률조항의 입법 취지 등에 비추어 보면 위 규정에 따라 금융지주회사로 보지 아니하는 「자본시장법」상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항이 적용되지 아니한다고 봄이 타당한데, 사모투자전문회사나 투자목적회사가 일반 지주회사인지 아니면 금융지주회사인지에 따라 이 사건 법률조항의 적용을 달리할 합리적 이유도 없다.

또한, 「공정거래법」상의 지주회사에 대하여는 이 사건 법률조항 외에, 주식의 현물출자 등에 의한 설립이나 전환에 대한 과세특례(「조세특례제한법」제38조의2), 수입배당금액의 익금불산입제도(「법인세법」제18조의2) 등이 마련되어 있는 반면, 「자본시장법」상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 그와 별도로 지급배당금의 소득공제제도(「법인세법」제51조의2 제1항 제2호)나 등록세 중과배제제도(「조세특례제한법」제119조 제7항) 등이 규정되어 있는 등 세법상의 규율에도 차이가 있다.

위와 같은 관련 규정의 문언 내용과 입법 취지 및 체계, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사와 지주회사의 설립목적 및 기능상의 차이, 그리고 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 「조세특례제한법」이 이 사건 법률조항(당시에는 제120조 제5항 제8호)을 신설할 당시에는 법률상 사모투자전문회사나 투자목적회사에 관한 규정이 아직 없었던 점 등을 종합하면, 「공정거래법」의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 「자본시장법」상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항도 적용되지 않는다고 봄이 타당하다.

따라서 「공정거래법」상 지주회사에 해당하는 청구인에 대하여 이 사건 법률조항을 적용하지 않고 한 이 사건 처분이 위법하다는 청구인의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 처분은 잘못이 없고 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

<!-- 1. 처분개요

가. 처분청은 종합부동산세 과세기준일(2018.6.1.) 현재 청구법인이 보유하고 있는 과세대상물건(주택 71건, 종합합산과세대상 토지 729건 및 별도합산과세대상 토지 221건)에 대하여 「종합부동산세법 시행령」제4조의2 제1항 및 제5조의3 제1항․제2항(이하 "쟁점규정"이라 한다)에 따라 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 2018.11.21. 청구법인에게 2018년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 결정․고지하였다. -->